وقع مدير عام الجمارك السعودية صالح الخليوي والأمين العام لهيئة المدن الاقتصادية مهند هلال اتفاقاً للتعاون والتنسيق المشترك بينهما فيما يتعلق بتشغيل موانئ المدن الاقتصادية التي تشرف عليها الهيئة بهدف دعم العمل التكاملي وتحقيق أهداف خطط التنمية في المملكة والتي سيكون أولها ميناء مدينة الملك عبدالله الاقتصادية. وتضمن الاتفاق تعيين ضابطي اتصال من كل طرف لتسهيل أمور التنسيق وفاعلية التعاون فيما بينهما، وأشارت بعض البنود إلى أن تقوم مصلحة الجمارك العامة باستخدام الميكنة الحديثة التي تطبقها الجمارك السعودية في جميع منافذ المملكة الجمركية «البرية، البحرية، الجوية» إضافة إلى توفير التقنيات الحديثة التي تستخدم للعمل الجمركي فيها لتيسير حركة العمل في هذه الموانئ. ومن الجوانب الهامة التي وردت في الاتفاق التزام هيئة المدن الاقتصادية بتطبيق نظام الجمارك الموحّد ولائحته التنفيذية وما يصدر من تعليمات على جميع البضائع الواردة والصادرة والترانزيت والمسافنة وتلك المخزنة بمستودعات الميناء وساحاته من قبل الجمارك السعودية ، وأن تقوم الهيئة بإلزام شركة تطوير الموانئ لتهيئة مباني ومكاتب للجمارك والجهات ذات العلاقة بالفسح الجمركي، وإنشاء مستودعات متنوعة في الساحات المخصصة لأعمال الجمارك، وإضافة مواقع مهيأة لمعاينة المواد الكيماوية والخطرة مع تأمين جميع وسائل الأمن والسلامة واللوحات الإرشادية وتهيئة ساحة خاصة لمنطقة الصادر وإعادة الصادر، وأن تتولى الجمارك مسؤولية الإشراف المباشر على شركة المناولة التي تعمل في الساحات الجمركية لضمان تسهيل عمل الجمارك لتتمكن من تحقيق رسالتها وشعارها المتمثّل في «الإسراع في فسح المسموح ومنع دخول الممنوع أو خروج المقيد» ولتحقيق هذا الشعار لابد من إيجاد التوازن التام بين تسهيل حركة التجارة لجميع المستوردين والمصدرين وفقاً لالتزامات المملكة الدولية من جهة وبين حماية المملكة من الممنوعات والقيام بتفتيش الإرساليات بالدقة والسرعة المطلوبة من خلال استخدام الطرق الحديثة في العمل الجمركي ومن أهمها إدارة المخاطر وأنظمة كشف الحاويات بالأشعة وغيرها من الوسائل الرقابية التي تساعد موظفي الجمارك على القيام بمهامهم اليومية.