وقّع المدير العام للجمارك صالح الخليوي والأمين العام لهيئة المدن الاقتصادية مهند هلال اتفاقاً للتعاون والتنسيق المشترك بينهما، في ما يتعلق بتشغيل موانئ المدن الاقتصادية التي تشرف عليها «الهيئة»، لدعم العمل التكاملي وتحقيق أهداف خطط التنمية في المملكة، التي سيكون أولها ميناء مدينة الملك عبدالله الاقتصادية، وقد تضمن هذا الاتفاق تعيين ضابطي اتصال من كل طرف لتسهيل أمور التنسيق وفاعلية التعاون بينهما، وأشارت بعض البنود إلى أن تقوم مصلحة الجمارك العامة باستخدام الميكنة الحديثة التي تطبقها الجمارك السعودية في جميع منافذ الجمركية للمملكة (البرية - البحرية - الجوية»، إضافة إلى توفير التقنيات الحديثة التي تستخدم للعمل الجمركي فيها لتيسير حركة العمل في هذه الموانئ. ومن الجوانب المهمة التي وردت في الاتفاق التزام هيئة المدن الاقتصادية بتطبيق نظام الجمارك الموحّد ولائحته التنفيذية وما يصدر من تعليمات على جميع البضائع الواردة والصادرة والترانزيت والمسافنة وتلك المخزنة بمستودعات الميناء وساحاته من «الجمارك السعودية»، وأن تلزم «الهيئة» شركة تطوير الموانئ لتهيئة مبانٍ ومكاتب للجمارك والجهات ذات العلاقة بالفسح الجمركي، وإنشاء مستودعات متنوعة في الساحات المخصصة لأعمال الجمارك، وإضافة مواقع مهيأة لمعاينة المواد الكيماوية والخطرة مع تأمين جميع وسائل الأمن والسلامة واللوحات الإرشادية مع تهيئة ساحة خاصة لمنطقة الصادر وإعادة الصادر، وأن تتولى الجمارك مسؤولية الإشراف المباشر على شركة المناولة التي تعمل في الساحات الجمركية لضمان تسهيل عمل الجمارك لتتمكن من تحقيق رسالتها وشعارها المتمثّل في «الإسراع في فسح المسموح ومنع دخول الممنوع أو خروج المقيد» ولتحقيق هذا الشعار لا بد من إيجاد التوازن التام بين تسهيل حركة التجارة لجميع المستوردين والمصدرين وفقاً للالتزامات الدولية للمملكة من جهة، وبين حماية المملكة من الممنوعات والقيام بتفتيش الإرساليات بالدقة والسرعة المطلوبة من خلال استخدام الطرق الحديثة في العمل الجمركي، ومن أهمها إدارة المخاطر وأنظمة كشف الحاويات بالأشعة وغيرها من الوسائل الرقابية التي تساعد موظفي الجمارك على القيام بمهامهم اليومية.