بدأت آثار الادعاءات التي اثارها الاعلام الامريكي وبعض الجهات الرسمية عن تورط جهات اسلامية في سلسلة الانفجارات التي طالت مركز التجارة العالمي والبنتاجون بالولاياتالمتحدةالامريكية في الظهور بشكل واضح على الجاليات الاسلامية والمسلمين المقيمين في مختلف الولاياتالمتحدةالامريكية. وتقول أمينة أحمد 23 سنة طالبة في الجامعة الامريكية «لشبكة اسلام اون لاين. نت»: «ربما لا استطيع ارتداء الحجاب بعد الآن، أو ان اعرف نفسي كمسلمة، الى ان يتم تحديد الجهة التي قامت بهذه الهجمات الحمقاء، فالكل في امريكا يتهم العرب المسلمين بالقيام بهذه العملية». وتقول اخرى ترتدي الحجاب «إن الموقف يزداد سوءا، وكل ما اتمناه ان تتحقق وسائل الاعلام والجهات الرسمية من مرتكبي الهجمات قبل اصدار اية احكام ضد المسلمين». ويقول مسئول في مسجد دار الهجرة الذي يتردد عليه المسلمون في مناطق متعددة بواشنطن إن المسلمين يعيشون في حالة ذعر، وعدد المصلين في المسجد قل بشكل ملحوظ، وانه يوجد اعضاء من المسجد للوقوف عند مدخل المسجد ومواقف السيارات لحماية المسلمين اثناء أداء الصلاة. وكان العديد من المواقع العربية على شبكة «الانترنت» قد تلقت الكثير من الرسائل التي تندد بالعرب والمسلمين، من هذه الرسائل «جاء الوقت ليدفع الارهاب الاسلامي الثمن»، وسنثأر لكل امريكي ب 10 من المسلمين»، و«أنا أمقت الفلسطينيين بعد هذه الكارثة ولا اريد ان يكون هناك سلام»، و«سأساند اسرائيل بكل ما املك من مال»، و«الاسلام دين الشر والكراهية، و«لقد بدأتم الحرب .. استعدوا»، و«الموت والهلاك لكل العرب»، كما احتوت الكثير من الرسائل على سباب وشتائم للذات الإلهية وللرسول محمد عليه الصلاة والسلام. ومن ناحية أخرى أعلن مجلس العلاقات الاسلامية «كير» بالولاياتالمتحدةالأمريكية انه تلقى العديد من التقارير التي تشير الى وقوع بعض الاعتداءات على المسلمين الامريكيين ومؤسساتهم وخاصة المساجد والمتاجر الاسلامية حيث تعرضت مكتبة اسلامية وصيدلية يملكها مسلم للحريق بشمال ولاية فيرجينيا، كما تلقت العديد من المساجد تهديدات. ويقول مسئولون بمجلس العلاقات الاسلامية الامريكية (كير): إنهم سوف يكشفون نتائج الدراسات التي يعدونها عن حوادث الاعتداء ضد المسلمين الامريكيين للاعلام الامريكي في الوقت المناسب، وبالشكل الذي يخدم صورة وسلامة المواطن المسلم في امريكا، وقد اصدرت كير مجموعة نصائح اساسية للمسلمين الامريكيين للحفاظ على سلامتهم.