اعربت مشيخة الازهر عن املها في "علاقات افضل" مع الفاتيكان بعد انتخاب البابا الجديد وفي ظهور "توجه جديد" يتيح استئناف الحوار الذي كانت مشيخة الازهر علقته مع الفاتيكان اوائل 2011. وقال محمود عزب مستشار امام الازهر احمد الطيب لشؤون الحوار "نهنئ كنيسة القديس بطرس والكالثوليك في العالم بتنصيب البابا الجديد ونتمنى ان تسود بيننا علاقات افضل لخدمة الانسانية كلها وبمجرد ان نرى توجها جديدا سنعود فورا الى الحوار (..) الذي كنا علقناه لان مواقف الفاتيكان لم تكن تدعو (وقتها) الى التقارب". واضاف عزب "الازهر الشريف كان علق الحوار في اوائل 2011 بعد ان تراكمت اسباب دفعته الى ذلك منذ خطاب البابا السابق واتهامه الاسلام بالعنف" موضحاً "علقنا الحوار الى ان تتحسن الظروف لان هدف الحوار التقارب ومواقف الفاتيكان لم تكن تدعو الي ذلك". واكد عزب "نأمل ان يدافع الفاتيكان في عهده الجديد عن المضطهدين والمظلومين في العالم كله ومنه الشرق بدون تفرقة بين مسلم ومسيحي لان كرامة الانسان واحدة كما جاء في القرآن". وبات الكاردينال الارجنتيني خورخي ماريو برغوليو البابا الاول من القارة الاميركية واليسوعي الاول الذي يتولى السدة البابوية عندما انتخب مساء الاربعاء ليخلف بنديكتوس السادس عشر. واختار البابا الجديد لنفسه اسم فرنسيس ليكون اول بابا يحمل هذا الاسم. وبدأت الخلافات بين الفاتيكان والمسلمين بسبب تصريحات البابا بنديكتوس السادس عشر في جامعة ريجينسبرغ الالمانية في ايلول/سبتمبر 2006 والتي ربط فيها بين الاسلام والعنف. واقتبس حينها البابا المستقيل مقطعاً من حوار دار في القرن الرابع عشر بين امبراطور بيزنطي وشخص فارسي مثقف، واستدعى البابا قول الامبراطور للمثقف "أَرِني ماذا قدم محمد من جديد، وسوف لن تجد إلا أموراً شيطانية وغير إنسانية، مثل أوامره التي دعا إليها بنشر الإيمان عن طريق السيف". وهو الامر الذي اثار تظاهرات غاضبة اوقعت قتلى في ارجاء العالم الاسلامي. وحاول البابا بنديكتوس بعدها بخمسة اشهر تدارك الامر بزيارة جامع السلطان أحمد في اسطنبول ذلك في محاولة منه لإصلاح العلاقات مع العالم الإسلامي. وتعتبر هذه الزيارة الثانية إلى أماكن عبادة اسلامية في تاريخ الزيارات الباباوية. وهو ما اعتبره علماء دين مسلمين زيارة شكلية لا نفع منها دون وجود اقتناع بوعي واحترام حقيقي للاسلام. واستانف الطرفان في عام 2009 الحوار بينهما لكن الامور تازمت مجددا مطلع كانون الثاني/يناير 2011 اثر ادانة البابا المستقيل لتفجير كنيسة القديسين في مدينة الاسكندرية (شمال مصر) داعياً الى حماية المسيحين في مصر. وقرر الازهر عقب هذا الموقف تجميد علاقاته مع الفاتيكان لاجل غير مسمى بسبب ما اعتبره انذاك تعرضا متكررا من بابا الفاتيكان السابق للاسلام "بشكل سلبي".