تشير وثيقة يعود تاريخها إلى عام 2005، وكشف عنها في دراسة صدرت حديثاً، إلى وجود شراكة استراتيجية «صامتة» بين تنظيم «القاعدة» والنظام الإيراني. وطبقاً للوثيقة، وهي رسالة وجهها الزعيم الحالي ل«القاعدة» أيمن الظواهري إلى الزعيم السابق للتنظيم في العراق أبو مصعب الزرقاوي، فإن الظواهري يرى أن إيران و«القاعدة» يجب ألا يتقاتلا. ووجّه الظواهري الزرقاوي بتجنب استهداف الشيعة. وتظهر الرسالة توجيهاً واضحاً من مركز التنظيم في أفغانستان إلى فروعه في العالم بضرورة تجنب قتال إيران وعدم استهداف الطائفة الشيعية. وتحذر من أن من شأن مثل هذه المواجهة أن توتّر العلاقة بين التنظيم وطهران. وأوضح أستاذ دراسات الشرق الأوسط في جامعة برنستون الأميركية الدكتور برنارد هيكل في دراسة بعنوان (تنظيم القاعدة والشيعة) أن زعيم «القاعدة» الظواهري انتقد زميله الزرقاوي الذي يشرف على فرع التنظيم في العراق (قتل في السابع من حزيران - يونيو 2006 في العراق) في رسالة وجهها إليه في 2005، إثر هجمات الأخير على الشيعة في العراق. ورأى الظواهري أن الهجوم لن يكون مقبولاً لدى جماهير المسلمين مهما حاول الزرقاوي تبرير موقفه، وسيؤدي ذلك إلى استمرار النفور، وسيزيد التساؤلات بين المنتمين إلى التنظيم، وفي دوائر صناع الرأي حول صحة الصراع ضد الشيعة في ذلك الوقت. وأشار الأكاديمي في جامعة برنستون إلى أن الزرقاوي اتبع استراتيجية ظهرت ملامحها في رسالة عام 2004، وبعثها إلى قيادة «القاعدة» في أفغانستان، تتعلق بضرب الشيعة مراراً وتكراراً وبشكل عشوائي، لإثارة الفتنة الطائفية الأهلية التي من شأنها أن توحد أهل السنة في العراق وأماكن أخرى. وأشار هيكل إلى أن الظواهري أخبر الزرقاوي بأن تنظيم «القاعدة» لا يحتاج إلى الإساءة إلى إيران عن طريق مهاجمة الشيعة، فطهران تحتجز سجناء من التنظيم، وأن إيران و«القاعدة» يجب ألا يتقاتلا بسبب وجود تهديد أكبر تمثله الولاياتالمتحدة.