أكدت المرجعية الشيعية أنها لا تدعم مشروع النجف عاصمة الثقافة الإسلامية لعام 2012 «لكثرة الشبهات التي تحيط به»، فيما اعلن المحافظ تأجيله إلى منتصف العام «بسبب تزامنه مع انعقاد القمة العربية». وأكد نجل المرجع الديني آية الله بشير النجفي، الشيخ علي النجفي أن «مشروع النجف عاصمة الثقافة الإسلامية يشوبه الغموض والمرجعية لم تدعمه». وأضاف النجفي في تصريح إلى «الحياة» أن «الهدف من المشروع إظهار مركز المدينة الديني والثقافي والتاريخي الزاخر بالعلم والثقافة، لكن المختصين اهتموا ببناء الفنادق والجسور ولم يكن هذا هو الهدف». وأوضح أن «المسؤولين عن المشروع يعتقدون أن الأولوية للإعمار بينما نعتقد أن الأولية لإحياء التراث. من المفيد وجود شوارع نظيفة وخدمات، لكن الأهم أن يجد الوافد مبتغاة في عبق تاريخ النجف». وأشار إلى أن «لا انسجام في المشروع كون الكثير من الآليات تفتقد الجهد والتعاون وتوجيه العمل وتحديد المسؤوليات». وأكد أدباء وفنانون في النجف مقاطعتهم المشروع بسبب «شبهات الفساد التي تحوم حول المشاريع المنجزة وصرف الأموال وعدم اهتمام اللجنة المشرفة بالجانب الديني والعلمي والثقافي». وقال الشاعر فارس خليل إن «اللجنة اهتمت بالمقاولات والأموال ولم تهتم بالجانب الثقافي، فبدلاً من إظهار دور المرجعية الدينية والمراكز الثقافية ومنزل شاعر العرب الأكبر محمد مهدي الجواهري انفقوا الأموال على الجسور والفنادق»، مشيراً إلى أن «الكثير من الأدباء قرروا مقاطعة المشروع لأنه خال من بصمات الثقافة». لكن محافظ النجف عدنان الزرفي نفى أن يكون سبب تأجيل المشروع بسبب الفساد بل «لتزامنه مع انعقاد القمة العربية في بغداد». وقال: «تم تأجيل فعاليات المشروع إلى منتصف أيار المقبل كونه يتزامن مع انعقاد القمة العربية في بغداد.» وأضاف أن «المشاريع قيد الإنجاز والعمل مستمر». وأعلن مجلس المحافظة أنه «لا يتحمل مسؤولية فشل المشروع الذي شهد تقلبات وصراعات أدت إلى تغيير عدد من المسؤولين، وآخرها إعفاء وكيل وزارة الثقافة الأقدم جابر الجابري من رئاسة المشروع وتشكيل لجنة حكومية خماسية برئاسة حسين الشهرستاني». وكان الناطق باسم الحكومة العراقية علي الدباغ قال الاثنين إن «التحضيرات ليست كافية» وتابع «نحن نواجه صعوبات وعقوبات، ولا ننكر أن هناك مشاكل». واختار مؤتمر منظمة الثقافة الإسلامية الذي عقد في أذربيجان عام 2009 النجف عاصمة للثقافة الإسلامية في 2012، ورصدت الحكومة العراقية حوالى نصف بليون دولار لهذا المشروع.