تعد مكتبة المسجد النبوي الشريف مركزاً من مراكز العلم في المدينةالمنورة، لا سيما أنها تقع في قلب المسجد النبوي الشريف، ما جعل لها مكانة عالية عند أهل العلم لقوله صلى الله عليه وسلم"من جاء مسجدي هذا لم يأت إلا لخير يتعلمه أو يعلمه فهو بمنزلة المجاهد في سبيل الله ومن جاء لغير ذلك فهو بمنزلة الرجل ينظر إلى متاع غيره". ويشير كتاب خزائن الكتب العربية إلى أن مكتبة المسجد النبوي تكونت قبل حريق المسجد النبوي في 13 رمضان عام 886 ه، إذ احترقت خزائن المصاحف والكتب في ذلك الحريق وكانت الخزائن تضم كتباً نفيسة ومصاحف، أما في العهد السعودي فتأسست المكتبة عام 1352ه باقتراح من عبيد مدني حينما كان مديراً للأوقاف في المدينةالمنورة، وكان أول مدير لها هو أحمد ياسين الخياري، وفي المكتبة بعض الكتب التي يعود تاريخ وقفها على المسجد النبوي إلى ما قبل تاريخ إنشاء المكتبة، مثل مكتبة الشيخ محمد العزيز الوزير التي أوقفت عام 1320ه، وهي من الكتب التي أدخلت في المكتبة بعد تأسيسها. وكانت هناك كتب في الروضة الشريفة على بعضها تاريخ متقدم عن تاريخ تأسيس المكتبة. وتنقسم المكتبة إلى أقسام عدة، منها قسم المطالعة الخاصة بالرجال الذي يقع في الركن الشمالي الغربي من سطح المسجد النبوي، والمدخل المؤدي له هو السلم الكهربائي رقم 10 وتحتوي على 300 كرسي للرواد وقاعات المطالعة الخاصة بالنساء وهي خمس قاعات ثلاث منها في مصلى النساء الشرقي بباب عثمان بن عفان رضي الله عنه رقم 24 واثنتان في المصلى الغربي باب عمر بن الخطاب رضي الله عنه باب رقم 16، وتم افتتاحها في 1416ه، والمكتبة الرقمية وتحتوي على أجهزة حاسب آلي مرتبطة بشبكة خاصة محملة عليها البرامج العلمية الحاسوبية وتشمل الكتب والمخطوطات والصوتيات الرقمية وتستعمل من الباحثين، وقسم محدودة الاطلاع، توضع فيه الكتب المحدودة الاطلاع. وتحتوي المكتبة أيضاً على قسم المجموعات الخاصة ويقع في الدور الأول والثاني من باب عثمان بن عفان رضي الله عنه عند نهاية التوسعة السعودية الأولى، وهو يضم خزانة المخطوطات الأصلية كتب ومصاحف ومصورات ورقية وميكروفيلمية ورقمية وأجهزة تصوير من الميكروفيلم إلى ورقي وأجهزة حاسب آلي وأجهزة تعقيم وصيانة المخطوطات وطاولات عرض لعرض نماذج من المخطوطات للزائرين وصور ملتقطة مكبرة لنماذج بديعة من المخطوطات والمصاحف. وقسم الكتب النادرة والدوريات ويقوم بحفظ الكتب النادرة والصور وغيرها، وهناك ضوابط وضعت للكتاب حتى يحكم بأنه نادر، وقسم الدوريات يضم ثلاثة آلاف دورية. وأيضاً قسم المكتبة الصوتية ويقع في باب 17 ويقوم بحفظ ما يلقى في مكتبة المسجد النبوي من التلاوات والدروس والخطب والصلوات من الحرمين الشريفين ويبلغ محتوياته أكثر من 100 ألف ساعة صوتية مسجلة على أشرطة كاسيت وأقراص مدمجة ووسائط متعددة. كما تحتوي المكتبة على القسم الفني الذي يقع بباب رقم 9 باب الملك سعود بن عبدالعزيز رحمه الله ويقوم بتجليد وترميم وتعقيم المخطوطات والكتب وتصوير بعض طلبات التصوير من كتب ومخطوطات والكتابة على الكتب المجلدة، ويحتوي على أقسام عدة للتجليد بأنواعه والترميم وترميم المخطوطات والكتب والطباعة الحرارية على الكتب آلياً ويدوياً والتصوير وأيضاً قسم الفهرسة والتصنيف والتزويد ويقع في باب 9 ويقوم هذا القسم بالفهرسة والتصنيف وتسجيل الكتب الواردة للمكتبة في برنامج المكتبة بالحاسب الآلي، وقسم التزويد الذي يقوم بتأمين الكتب الجديدة للمكتبة عن طريق الشراء، ومن مهامه أيضاً جلب الكتب الموقوفة على المكتبة، إذ يقوم البعض بوقف الكتب على المكتبة ونقلها إلى المكتبة في حياته أو بوصية منه بعد موته.