أعلن الامين العام للامم المتحدة كوفي انان في تقريره عن تنفيذ بنود القرار 1559 ومطالبه "ليس في وسعي التصديق على ان هذه المطالب نُفّذت". وكشف انه طلب من الحكومتين اللبنانية والسورية "برنامجاً زمنياً" لتنفيذ القرار الذي طالب "جميع القوات الاجنبية المتبقية بالانسحاب من لبنان". ودعا الى "حل جميع الميليشيات اللبنانية وغير اللبنانية ونزع سلاحها". واشار الامين العام الى ان تنفيذ القرار، في رأي كثيرين، "ليس فقط في مصلحة لبنان وانما ايضاً لمصلحة سورية والمنطقة والاسرة الدولية". وقال ان "انسحاب القوات الاجنبية وحلّ الميليشيات سينهي فصلاً حزيناً من التاريخ اللبناني". واعتبر انان ان "الوجود المهم والوحيد للقوات الاجنبية في لبنان هو السوري"، ك"قوات رسمية"، وكذلك "كاستخبارات عسكرية". وقال ان "المجموعة المسلحة الاهم التي ما زالت موجودة هي حزب الله". واكد تقرير انان ان "الحكومة السورية ابلغتني انها غير قادرة على تقديم الارقام والبرامج ، واضاف ان "الحكومة اللبنانية ابلغتني ان الوضع الامني الهشّ في المنطقة، والمخاطر على استقرار لبنان، وعدم توافر عملية سلام اقليمية شاملة تجعل من الصعب تنفيذ القرار فوراً وكاملاً". وركز التقرير على مسؤولية الحكومة اللبنانية في حل الميليشيات مشيراً الى ان هذه الحكومة "تعترض على تصنيف حزب الله بأنه ميليشيا لبنانية وهي تعتبره مجموعة مقاومة وطنية هدفها الدفاع عن لبنان ضد اسرائيل لتحقيق انسحابها من مزارع شبعا". لكن انان، مع تسجيله الموقف اللبناني، قال انه في تقريره بتاريخ 16 حزيران يونيو عام 2000 "أكدتُ ان اسرائيل نفّذت متطلبات قرارات مجلس الامن 425 و426 وسحبت قواتها من كل الأراضي اللبنانية". وزاد ان مجلس الأمن "صادق ودعم هذا الاستنتاج". وعندما تطرق إلى الفقرة 5 من القرار 1559 المتعلقة بالانتخابات الرئاسية وبالدستور، أكد أنان اقتناعه بأن على "الحكومات والقادة عدم البقاء في المناصب ما بعد حدود ولايتهم". ولاحظ أنان انه "في 3 ايلول سبتمبر وبعد أقل من 24 ساعة على تبني القرار 1559"، اجتمع البرلمان اللبناني وعدّل الدستور كي يجدد للرئيس اميل لحود لفترة 3 سنوات. وقال أنان إن الانطباع السائد في لبنان ولدى متبني تقديم القرار 1559 هو أن تمديد ولاية لحود "كان نتيجة لتدخل مباشر لحكومة سورية". وأشار إلى أن "الحكومتين اللبنانية والسورية نفتا ان لسورية نفوذاً في هذا التمديد". وأشار إلى أن في البرلمان الآن مشروع قرار لإلغاء التمديد للرئيس لحود. كذلك قال إن "الادعاء المتبادل في لبنان هو أن الوجود السوري العسكري، بما فيه عناصر رئيسية من مسؤولي المخابرات بالثياب المدنية، يعطي سورية نفوذاً وتأثيراً مهماً في المسائل اللبنانية المحلية". واضاف ان الحكومتين اللبنانية والسورية "تنفيان لي أن سورية تتدخل في الشؤون الداخلية" للبنان. وقال أنان في تقريره: "على رغم التقارب في العلاقات الرسمية بين سورية ولبنان، يُلاحظ أن الدولتين لم تقيما علاقات ديبلوماسية رسمية في ما بينهما، فلا بعثة ديبلوماسية لبنانية في دمشق، ولا بعثة سورية ديبلوماسية في بيروت". وفي ما يخص إسرائيل، ذكر تقرير أنه "منذ تشرين الأول اكتوبر عام 2000، قامت الطائرات الإسرائيلية بانتهاك السيادة اللبنانية باختراقها الأجزاء اللبنانية، وعبور الخط الأزرق أحياناً". ودعا الطرفين اللبناني والإسرائيلي إلى "احترام" هذا الخط، مشيراً إلى ان "حزب الله" وتنظيمات فلسطينية تخترق الخط الأزرق أيضاً. وذكر التقرير ان سورية اعلنت انها اعادت انتشار حوالي 3 آلاف جندي في جنوببيروت "وليس واضحاً للامم المتحدة اذا كانت عملية الانتشار محصورة في القوات المنتظمة او اذا كانت شملت عناصر استخبارات عسكرية، وما اذا كانوا جميعاً عادوا الى سورية". وتابع: "لقد ذكرت الحكومة السورية لي ان حوالي 14 ألف جندي سوري لا يزالون في لبنان". وسجل للحكومتين اللبنانية والسورية "اعتراضات" على القرار 1559 لكنهما "اكدتا لي انهما لن تتحدياه". وزاد انهما تقدمتا "بمعلومات" و"بتطمينات معينة". وقال: "انني آخذ علماً بهذه التطمينات وأتوقع تنفيذها. ولقد طلبت من الاطراف ان تتقدم بجدول زمني لتنفيذها". واضاف انان: "ان المطالب من الاطراف الواردة في القرار 1559 لم يتم تنفيذها. وفي هذا الاطار، انني مستعد اذا برزت الحاجة لمساعدة الاطراف في تنفيذ القرار". وتابع انه على استعداد "لأن أبلغ مجلس الامن بصورة منتظمة بأي معلومات" في هذا الصدد.