وقعت منظمة المؤتمر الإسلامي في طيات الاتهامات المتبادلة بين الكويتوالعراق في رسائل وجهت إلى الأمين العام للأمم المتحدة كوفي أنان في شأن الأسرى والمفقودين، بعدما بعث القائم بالأعمال بالنيابة في بعثة الكويت منصور عياد العتيبي إلى المنظمة الدولية برسالة ضمّنها "مذكرة الموقف الذي تلتزمه منظمة المؤتمر الإسلامي"، وطلب توزيعها كوثيقة رسمية. ورد مندوب العراق السفير سعيد حسن الموسوي قائلاً إن "رسالة الكويت والورقة المرفقة بها، إضافة إلى كونها تمثل سوء استخدام لحق النشر ضمن وثائق الأممالمتحدة وتؤذي صدقية منظمة المؤتمر الإسلامي، تمثل محاولة رخيصة لتسييس موضوع المفقودين بطريقة انتقائية". وتابع السفير العراقي في رسالته: "سنطلب من الأمانة العامة لمنظمة المؤتمر الإسلامي توضيحات لحقيقة هذه الورقة التي لا صفة رسمية ولا قانونية لها". وجاء في "مذكرة الموقف" التي تضمنتها الرسالة الكويتية ان منظمة المؤتمر الإسلامي تلتزم دعم موقف الكويت من قضية الأسرى والمفقودين.