في الأول من آذار (مارس) 2009 باشر دانيال بلمار عمله مدعياً عاماً للمحكمة، وبعد نحو عشرين يوماً اعتمدت بعض الأدوات القانونية الأساسية المتعلقة بتنظيمها وعملها: القواعد الإجرائية وقواعد الإثبات، القواعد المتعلقة بالتوقيف والمبادئ التوجيهية الخاصة بتعيين محامي الدفاع. وباتت المحكمة تملك الأدوات القانونية اللازمة لمعالجة الملفات الأولى المتعلقة بقضية الحريري. وفي 25 آذار وجه بلمار الى قاضي الإجراءات التمهيدية دانيال فرانسين استدعاء يلتمس بموجبه أن يقوم هذا الأخير بالطلب الى السلطات اللبنانية أن تتنازل عن اختصاصها في القضية وان تحيل الى المدعي العام المستندات والأوراق ذات الصلة وقائمة بأسماء الأشخاص الموقوفين رهن التحقيق. بعد أقل من ثلاثة أسابيع أمر فرانسين مكتب بلمار بإيداع طلب معلل بإبقاء الأشخاص الموقوفين في لبنان رهن التحقيق في القضية قيد الاحتجاز أو إطلاق سراحهم في مدة أقصاها 27 نيسان (أبريل). وفي التاريخ المحدد وجه بلمار طلباً الى فرانسين، أشار فيه إلى أنه لا يطلب إبقاء أربع ضباط لبنانيين قيد الاحتجاز في لبنان. وفي جلسة تمهيدية في 29 نيسان بثت وقائعها مباشرة أصدر فرانسين أمراً بالإفراج عن الضباط الأربعة. ورأى المدعي العام أنه لا يملك أدلة كافية لاتهام الضباط بعد مراجعة كل المواد التي جمعها كل من مكتبه ولجنة التحقيق الدولية المستقلة إضافة إلى الملفات التي أحالتها إليه السلطات اللبنانية في 10 نيسان 2009. في 24 حزيران (يونيو) أعلن أن القاضي رالف الرياشي تفرغ للعمل في المحكمة بصفة نائب رئيس المحكمة. وبعد يومين أبرم مكتب بلمار والحكومة اللبنانية مذكرة تفاهم في شأن طرق التعاون في ما بينهما. في 3 أيلول (سبتمبر) أبرمت المحكمة والمنظمة الدولية للشرطة الجنائية (انتربول) اتفاقاً موقتاً في شأن مساعدة ال «انتربول» المحكمة في ما يتعلّق بتحقيقاتها وإجراءاتها الأخرى المتعلقة بالجرائم الداخلة ضمن اختصاصها. في تشرين الأول (اكتوبر) اجتمع قضاة المحكمة الخاصة بلبنان في هيئتهم العامة للمرة الثانية في خلال هذه السنة. ومن أبرز البنود المدرجة على جدول أعمالهم دراسة اقتراحات التعديلات على قواعد الإجراءات والإثبات، وتهدف هذه التعديلات إلى المضي في تعزيز فعالية وسلامة الإجراءات. في 17 كانون الأول 2009 أبرمت المحكمة اتفاق تعاون مع ال «انتربول» يهدف إلى إقامة إطار للتعاون بين المحكمة وال «أنتربول» من أجل التحقيقات والإجراءات المتعلقة بالجرائم الداخلة في اختصاص المحكمة. كما يتيح هذا الاتفاق للمحكمة إمكان الوصول إلى قواعد البيانات وأنظمة المعلومات الخاصة بال «أنتربول». يذكر أن محكمة لبنان تحتوي على مكتب للدفاع، وهو الأول من نوعه في المحاكم الدولية. ومكتب الدفاع هو أحد الهيئات المستقلة الأربع التي تكوّن المحكمة الخاصة بلبنان، وتقوم مهمته الأساسية على حماية حقوق الدفاع، بما في ذلك ضمان حق المتهم في الاستعانة بمحامٍ، وتزويد محامي الدفاع بالدعم والمساعدة والمشورة القانونية. وعلاوةً على ذلك، يمكن رئيس مكتب الدفاع المثول أمام القضاة في ما يتعلّق بأمورٍ ذات أهمية عامة بالنسبة إلى الدفاع.