تعد مياه الخليج من أكثر المياه المعرضة لتأثيرات التلوث على البيئة البحرية، ومن أكثر مصادر التلوث توقف السفن التجارية وناقلات النفط القادمة من المحيط الهندي فى مياه الخليج فترة زمينة كبيرة مما يستوجب ملء حاوياتها من الماء لتثبت السفينة، وحين تأخذ حمولتها من النفط تقوم بتفريغ هذه المياه التي اختلطت بكمية كبيرة من الزيت، وهذا يؤثر على الكائنات الحية في الخليج. وهذا التلوث أوجد تركيزات من الهيدروكربونات والمركبات العضوية الأخرى في مياه الخليج. ونظراً لاعتماد دول الخليج على مياهه كمصدر للماء العذب التي تتم تحليتها؛ فإن زيادة تركيزات الهيدروكربونات والعناصر الثقيلة في مياه البحر يؤثر بدرجة كبيرة على نوعية المياه المنتجة في وحدات التحلية، خاصة وأن البترول يتضمن أكثر من مليون مركب من الهيدروكربونات. وأكدت دراسات أن التلوث بالنفط في الخليج يبلغ أكثر من 47 مرة من التلوث على المستوى العالمي بالنسبة إلى وحدة المساحة، ويأتي 77% من التلوث من عمليات الإنتاج البحري والناقلات. وحرصاً منها على سلامة الخليج , وقّعت المملكة على معاهدة "ماربول" العالمية لحماية مياه البحار من التلوث، صدق على هذه المعاهدة أيضاً مجلس الوزراء في عام 1425 ه، وحظيت المعاهدة باهتمام من خادم الحرمين الشريفين، وعزز ذلك صدور الأمر السامي بتطبيق الإجراءات والضوابط الخاصة لمشروع إقامة تجهيزات استقبال ومعالجة مخلفات السفن والناقلات في الموانئ السعودية؛ وفقاً لمتطلبات الاتفاقية الدولية لمكافحة التلوث بالزيت "ماربول" 1973- 1978 الصادرة من المنظمة الدولية البحرية. ولا تتوانى المملكة في بذل الجهود لحماية مياة الخليج, فقد وضعت شركة أرامكو السعودية برنامجاً لمكافحة انسكاب الزيت ضمن إجراءات الوقاية والاستجابة والتنظيف بالإضافة إلى تحديد الواجبات الخاصة بكل فريق يشارك في الأعمال وتعليمات التوثيق الشاملة أثناء وبعد الحادثة وكذلك الاعتبارات القانونية والتدريب. كما حددت الهيئة الملكية للجبيل وينبع 13 موقعاً لمراقبة جودة مياه الشواطئ والمياه البعيدة عن مدينة الجبيل الصناعية لإعطاء معلومات شاملة حول جودة هذه المياه ولتسمح بتتبع التغيرات في جودتها. وتفيد المراقبة المنتظمة في رسم الخطوط العريضة حول المنحنى العام لجودة المياه على المدى البعيد بحيث يمكن اتخاذ التدابير اللازمة لمنع حدوث أية أضرار متوقعة في المستقبل.