ترجع تسميته لوقوعه قرب "بئر السقيا" الذي كان ملكًا للصحابي سعد بن أبي وقاص والتي تقع إلى الجنوب من هذا المسجد، والتي توضأ منها الرسول صل الله عليه وسلم، وكان يُستعذب من مائها ويشرب منها، ويستسقى له منها، وقد دُفنت بئر السقيا، ولم يبق لها أثر. (قيل: إنه كان يفصل بينها وبين المسجد طريق مكة القديم، ، وقيل: إنه يمر فوقها الطريق المذكور، الموقع يقع مسجد السقيا في المدينةالمنورة بباب العنبرية، وبالتحديد داخل سور محطة السكة الحديد، ويقابل حاليًّا مبنى أمانة المدينة. وذكر أنه كان أرضًا للصحابي الجليل سعد بن أبي وقاص . وهو مسجد صغير تعلوه 3 قباب، ويقع على مساحة 56 مترًا، بلا مئذنة، تصميم بنائه عثماني، أعيد ترميمه في عهد خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز -ي- في 1423-1424ه.
