تواجه سلاحف العنكبوت تهديدات بسبب سلوك قبيلة الميكيا في مدغشقر والتي تقوم بإعداد تلك السلاحف كوجبة رئيسية لديهم بالإضافة إلى تهديدات أخرى مثل "مافيا السلاحف" التي تستهدفهم دون غيرهم، الأمر الذي قد يؤدي إلى انقراضها، حيث يقدر العلماء انقراض السلاحف العنكبوت في غضون عدة عقود في أسوأ الظروف وهو ما قد يكون أقل من فترة عمر السلحفاة نفسها الأمر مما أدى إلى إدراجها من قبل الاتحاد الدولي للحفاظ على البيئة على القائمة الحمراء للأنواع المهددة بالانقراض في العام 2008. وتعد الحياة البرية في مدغشقر قبالة سواحل جنوب شرق أفريقيا بيئة مناسبة لمجموعة من أندر الحيوانات والنباتات في العالم، كما أشارت الأبحاث الميدانية التي أجراها علماء الأحياء لدى الجامعة المفتوحة ببريطانيا ومؤسسات معنية بالحفاظ على البيئة البحرية في بريطانيا، إلى أن هناك أملاً بعد أن توصل العلماء إلى تحديد مجموعة جديدة من السلاحف العنكبوت يسجل عددها رقما قياسيا بالنسبة لهذه الأنواع، فهي بالإضافة إلى أنها المجموعة الأخيرة ضمن الأنواع الثانوية الأكثر عرضة للانقراض التي تسكن المنطقة الشمالية، فهي أيضا آخر مجموعة في الأنواع ككل. وأضافت الدراسات التي أجريت إلى أنه يوجد في الهكتار الواحد 19.8 سلحفاة من هذه المجموعة السكانية الجديدة ما يعادل نحو 20 مرة متوسط الكثافة بالنسبة للأنواع الفرعية ونحو عشر مرات متوسط الأنواع إجمالاً وهو يعد بيئة السلاحف العنكبوت والمكان الوحيد على الأرض الذي يمكن العثور فيه على هذه الأنواع من السلاحف بكثرة قبل تدخل البشر. وبعد الحصول على معلومات بوجود موقع يضم مجموعة كبيرة من السلاحف طلب من مؤسسة "بلو فينتورز" المعنية بالحفاظ على البيئة البحرية اتخاذ المنطقة مركزاً دائماً لنشاطها وإجراء مسح لخمسة مربعات بحثية كل ستة أسابيع في العام، ويجب على القائمين بالمسح الاستعانة بتمويل من صندوق الحفاظ على السلاحف وتحالف إنقاذ السلاحف بالولايات المتحدة لتسجيل جنس وحجم وعمر جميع السلاحف التي يعثر عليها، ووضع علامة على ظهورها.
