أنشئ متحف نجران من أجل إبراز المظهر الحضاري والتاريخي لمنطقة نجران بصفة عامة وموقع الأخدود الأثري بصفة خاصة ولتوعية وتثقيف المجتمع، ويتبع الهيئة العامة للسياحة والآثار, وقد تم بناء المتحف عام 1403ه الموافق 1983م بالقرب من موقع الأخدود الأثري بنجران على أرض مساحتها 482232م2، وافتتح لاستقبال الزوار عام 1407ه الموافق 1987م, ويعد متحف نجران من أهم المتاحف في المملكة نظراً لاحتوائه على أكثر من 400 قطعة أثرية ووجوده داخل سور مدينة الأخدود الأثرية التي ورد ذكرها في القرآن الكريم، حيث أصبحت مقصداً لكثير من الوفود والزوار داخل المملكة وخارجها. ويتكون المتحف من صالة المدخل والتي تحتوي على لوحات لخرائط المواقع الأثرية بمنطقة نجران وشبكة المتاحف بالمملكة وصور فوتوغرافية ومعروضات تراثية, وجناح ما قبل التاريخ ويتم فيه عرض نصوص وصور تتحدث عن بداية الإنسان, وتكوين الأرض والطبقات الجيولوجية بها, والعصور الحجرية ونماذج الأدوات الحجرية لمختلف عصور ما قبل التاريخ ومواقعها في منطقة نجران. وهناك جناح ما قبل الإسلام الذي يبدأ من بعد العصور الحجرية حتى العصر الجاهلي، ويتم عرض مجموعة من الأدوات الحجرية والقطع الفخارية، ولوحات من النقوش والكتابات الصخرية، بالإضافة إلى نصوص وصور تحكي عن كل فترة من فترات ما قبل الإسلام وبخاصة موقع الأخدود الأثري ومعثوراته, وجناح الفترة الإسلامية والذي يعرض الفترة بداية من هجرة الرسول صلى الله عليه وسلم إلى المدينةالمنورة وعهد الخلفاء الراشدين، والفترات المتتالية، إضافة إلى عرض مجموعة من القطع الأثرية المختلفة ولوحات تتضمن نصوصاً وصوراً, ومخططات ونقوش صخرية تعود إلى هذه الفترة, وجناح توحيد المملكة والذي يتحدث عن توحيد المملكة وانضمام المنطقة إلى الحكم السعودي مع عرض صور فوتوغرافية قديمة للمنطقة ومعروضات من التراث الشعبي. هذا وقد رصدت الهيئة العامة للسياحة والآثار مبلغ 28 مليون ريال من أجل مشروع توسعة متحف نجران، ويشتمل المشروع على إنشاء صالات عرض وعروض مرئية وقاعة ومرافق أخرى ذات علاقة بالآثار بمنطقة نجران. ويتكون المشروع من دورين, حيث يشتمل الدور الأول على: المدخل الرئيس، قاعة الاستقبال، قاعات العرض المتحفي، إدارة المتحف القسم الرجالي، إدارة القسم النسائي، الخدمات المساندة، الخدمات العامة، جناح الضيافة. فيما يشمل الدور الثاني: المكتبة، قاعات المحاضرات. ويعد مشروع توسعة وتطوير متحف نجران الإقليمي المشروع الثاني الذي تبدأ الهيئة في تنفيذه بعد متحف الجوف الإقليمي ضمن مشاريع تطوير المتاحف القائمة والتي تشمل المتاحف الإقليمية في كل من: جازان والأحساء والعلا وتيماء، لتضاف إلى منظومة المتاحف الجديدة التي وقعت الهيئة عقود إنشائها في كل من الدمام، وعسير، وحائل، وتبوك، والباحة. ويعد هذا المشروع من المشروعات المهمة في منطقة نجران لما له من استخدامات كبيرة لخدمة الآثار في المنطقة، والتي تعد من أهم المناطق في هذا الجانب كونها مدينة تضم العديد من الآثار كالأخدود وآبار حمى وغيرها، ومن المتوقع أن يصبح المشروع بعد الانتهاء من إنشائه موقعاً يستضيف زوار المنطقة سواء من المناطق الأخرى أو من خارج المملكة لما يضمه من صالات للعروض الزائرة على مدار العام وكذلك جميع المعروضات الأثرية وهو في الحقيقة سيكون واجهة حضارية.