يسود اعتقاد خاطئ أن موطن الطوارق الأصلي هو مصر، ولعب الاستعمار الغربي، وصراعه مع الإمبراطورية العثمانية من أجل تقاسم النفوذ وتعديل الحدود، دوراً كبيراً في بث المشكلات. ومن الانصاف القول بأن الطوارق أبلوا بلاءً حسناً في قتال الاستعمار الأوروبي، لكنهم بعد الاستقلال عانوا مشكلات عدة ليس أقلها عدم انتشار التعليم بين صفوفهم، مما حرمهم من تبوء المكانة المناسبة في السلطات الجديدة. وتدلنا كتب التاريخ أن هناك أقواماً يدعون "التمحو" و"التحنو" كانوا يعيشون غرب وادي النيل، وتحديداً في الصحراء. وكان يطلق عليهم العديد من الأسماء، منها "المشواش" و"الليبو" و"أمينيو" وهم رجال أشداء لدرجة أن الملك رمسيس الثالث جلب مرتزقة من ليبيا لاستخدامهم في الحروب التي كان يخوضها، وكان معظمهم من الأمازيغ، وتحديداً من قبيلة اسمها "الميشوش". وعندما مات رمسيس الثالث توالى على العرش 6 ملوك باسم رمسيس، وكانوا جميعاً ضعفاء، فاستقوى الأمازيغ بالجيش وسيطروا عليه إلى حد بعيد. وفي عام 950 قبل الميلاد استولى "شيشينق"، القائد الأمازيغي في الجيش المصري، على العرش، وقد حكم الأمازيغ مصر لمدة 200 عام، شكلوا خلالها الأسر 22 و23 و24 حتى سقط حكمهم على يد النوبيين بزعامة الملك "بعنخي". لكن علاقة الأمازيغ بمصر لم تنقطع، فقد شهد القرن العشرون انتزاع مناطق من مصر وضمها إلى ليبيا، ومنها واحات "جغبوب "و" أركنو" و"العوينات" في الجنوب.. بدأت قصة انتزاع تلك الأراضي من السيادة المصرية أثناء أزمة خليج السلوم عام 1904، على إثر خلاف مع الامبراطورية العثمانية التي استطاعت الاستيلاء على مدينة السلوم في العام 1904، وأقام الأتراك ثكنات عسكرية في المدينة، مما أثار الاحتلال الإنجليزي لمصر، فبدأت ضغوط بريطانية على الحكومة العثمانية للانسحاب من مدينة السلوم والاعتراف بالسيادة المصرية عليها... وكان ذلك هو أول نزاع على حدود مصر الغربية. وكانت المنطقة قد شهدت، قبل وبعد ذلك، غارات من قبائل ليبية على صحراء مصر الغربية طوال الفترة من 1901 حتى 1916. وعندما احتلت إيطاليا واحة "الكفرة" وجدت أنها بلا قيمة وغير ذات جدوى من الناحية العسكرية والإستراتيجية ما لم يتم احتلال "أركنو" و"العوينات" و"آبار سارة" وهي واحات تقع إلى ناحية الغرب والجنوب من واحة "الكفرة"، ولذلك اتجهت إيطاليا عام 1934 لاحتلال تلك الواحات المصرية عسكرياً. وقبل استقلال ليبيا كانت مصر تطالب باستقلال ليبيا ووحدتها، فيما وقفت الدول العظمى ضد تلك الرغبة، وكانوا يستهدفون تقسيمها إلى 3 مناطق، على أن تكون كل منطقة خاضعة لاحدى الدول العظمى.. وفي الوقت نفسه طلبت مصر تعديل حدود مصر الغربية، ورغبتها في استرداد مناطق معينة، وهي منطقة "هضبة السلوم" بما تشمله من ميناء "بردية"، لأن تلك الهضبة لها أهمية عسكرية كبرى، فمن يسيطر عليها يمكنه تهديد حدود مصر الشمالية.. كما طالبت باسترجاع واحة "جغبوب" التي تمثل عنق الزجاجة والمدخل الطبيعي من الجهة الغربية لجميع واحات مصر الغربية، وقد سبق لإدريس السنوسي أن هاجم القوات المصرية واستطاع احتلال جميع الواحات. وفي عهد الرئيس أنور السادات حدثت أزمة سياسية، بدأت حين طالب عضو مجلس قيادة الثورة آنذاك عبدالسلام جلود بتعديل حدود ليبيا، لتصل إلى رأس علم الروم، وضم واحة سيوة إلى ليبيا، ووصل الأمر أيضا إلى الادعاء بأن حدود ليبيا تمتد حتى العلمين. وكان رد السادات على تصريحات جلود بتحريك القوات المصرية والتوجه نحو طبرق وواحة "جغبوب".. ولولا تدخل الملوك والرؤساء العرب لنشب صراع عسكري عام 1977 على خلفية التوترات التي خلفتها تلك التصريحات ورد الفعل من الجانب المصري. وجد الطوارق أنفسهم مشتتين بين النيجر ومالي وبوركينا فاسو الواقعة جنوب الصحراء الكبرى وليبيا والجزائر إلى الشمال، بعد رحيل الاستعمار الفرنسي من منطقة غرب إفريقيا، ورسم حدود جديدة في المنطقة. وزاد من شعورهم بالغبن أنهم قاوموا بشراسة الاحتلال الفرنسي والأوروبي لعدة دول أفريقية منذ نهاية القرن 19 وعرقلوا تقدم القوات الفرنسية في دول أفريقيا السوداء وقتل الفرنسيون رئيسهم الأمنوكال فهرون العام 1916. ومنذ استقلال الدول الإفريقية عن الاحتلال الأوروبي غلب التوتر على علاقة الطوارق بحكومات الدول التي يتواجدون فيها، غير أن أول تحرك سياسي فعلي للطوارق يعود إلى العام 1963 حيث أعلنوا عن مطالبهم السياسية في مالي وطالبوا بحق امتلاك الأراضي والحفاظ على خصوصياتهم الثقافية واللغوية غير أن حكومة الرئيس "موبوتو كيتا" قمعت هذه الحركة وزجت برموزها في السجون.