اتهمت منظمة هيومان رايتس ووتش السلطات الهندية بالزج بالعديد من المسلمين الأبرياء داخل السجون بزعم انتمائهم لتنظيمات متطرفة جهادية، مشيرة إلي تمييز عنصري يمارس من قبل الشرطة على هؤلاء الابرياء الذين ينتمون جميعا للديانة الإسلامية. وقالت المنظمة المعنية بالحريات وحقوق الإنسان في تقرير لها بعدد 106 صفحة، ان قوات الشرطة الهندية متهمة بسلسة من عمليات انتهاك حقوق الانسان خاصة فيما يتعلق بمكافحة الارهاب، مطالبة بالتحقيق في عمليات احتجاز واعترافات قسرية وتمييز ديني ضد المتهمين، فيما رفضت وزارة الداخلية على لسان متحدثها الرسمي اونكر كيديا التعليق على ما ورد في التقرير، قائلا "إن وزارة الداخلية لا ترد على تقارير حقوقية"، بحسب "الواشنطن بوست". ووصف التقرير عمليات التعذيب ضد اعضاء من جماعة المجاهدين الهندية المحظورة والتي تبدأ بالاعتقال التعسفي وعصب العينين والتكبيل ثم الضرب اثناء التحقيقات، منتقدا اداء الشرطة التي ترزح تحت ضغوط كبيرة للتوصل للمسئولين عن تفجيرات 2008، الا انه يجب عليها ان تتخذ الاساليب القانونية لحفظ حقوق المتهمين الذين لم تثبت عليهم التهم. ودعا التقرير السلطات الهندية الي اجراء تحقيق نزية في ما يثار عن احتجاز تسعة مسلمين وتعذيبهم على خلفية احداث ارهابية وقعت عام 2006 بمنطقة في غرب الهند بولاية ماهارشترا، وكشفت التحقيقات فيما بعد عن ان المتورطين هم من الهندوس المتطرفين، وبالرغم من ذلك لا تزال الأجهزة الأمنية تحتجز هؤلاء التسعة المسلمين. وطالب التقرير السلطات الهندية بتغيير قوانين مكافحة الارهاب والتي تعطي الحق للاجهزة الامنية في الاعتقال التعسفي لفترات طويلة وجميع انواع التعذيب للحصول على اعترافات من المشتبه بهم بطريقة قسرية. وأكد التقرير ايضا على ضرورة اجراء تحقيقات في اتهامات تم توجيهها لمسلمين فيما يخص تفجيرات حدثت في البلاد ثم تبين بعد ذلك مسئولية هندوس متطرفين عنها.