نصت المادة الثالثة من نظام الهيئة على ما يلي: "ينشأ في كل منطقة هيئة فرعية للأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، يصدر بتشكيلها قرار من الرئيس العام، يتضمن تعيين مشرف عام (مدير عام) ومساعد لمعاونته.. ويلحق بها العدد الكافي من الأعضاء والموظفين والإداريين والمستخدمين، ويفتح بها العدد الكافي من المراكز في كل مدينة وقرية". وعلى هذا نشأت فروع وهيئات الرئاسة، وفي عام 1412ه صدر قرار الرئيس العام، القاضي بفرز مناطق عسيروالباحة وجازان ونجران من فرع المنطقة الغربية، وإحداث فروع لها. وبعد صدور نظام المناطق عام 1412ه صدر قرار الرئيس العام رقم 243 في 7 / 6 / 1412ه بإنشاء فرع للرئاسة في كل منطقة من مناطق المملكة ال 13، وهي: الرياض، مكةالمكرمة، المدينةالمنورة، القصيم، المنطقة الشرقية، عسير، تبوك، حائل، الحدود الشمالية، جازان، نجران، الباحة، الجوف.