لم تطأ قدما إنسان الحرم النبوي إلا وزار حجرة وقبر الرسول صلى الله عليه وسلم في شرق المسجد النبوي وذلك للسلام على النبي صلى الله عليه وسلم. وتشير الروايات إلى أن الحجرة المدفون بها صلى الله عليه وسلم وصاحباه أبو بكر وعمر بن الخطاب رضي الله عنهما وكانت سكنا لعائشة رضي الله عنها تعرضت لخمس محاولات سرقة لجسد النبي صلى الله عليه وسلم، الأولى كانت في عهد الحاكم بأمر الله العبيدي الذي ادعى الألوهية عام 408 ه، فأشار عليه أحد الزنادقة بإحضار جسد الرسول إلى مصر لجذب الناس إليها بدلا من المدينة فكانت معركة بينه وأهل المدينة حتى أرسل الله ريحا للمدينة كادت الأرض بسببها تتزلزل من قوتها ومنعت البغاة من مقصدهم. أما المحاولة الثانية فكانت أيضا في عهد الحاكم بأمر الله العبيدي إذ أرسل من يسكن دارا بجوار الحرم النبوي ليحفروا نفقا إلى القبر، حتى اكتشف أهل المدينة النابش وقتلوه، أما المحاولة الثالثة فكانت مخططا من ملوك النصارى نفذت خطته بواسطة اثنين من النصارى، فحمى الله جسد نبيه صلى الله عليه وسلم إذ تقول الروايات أن القائد نور الدين زنكي رأى النبي صلى الله عليه وسلم في منامه وهو يشير إلى رجلين أشقرين ويقول أنقذني منهما، ففزع القائد من منامه، وجمع القضاة وأشاروا عليه بالتوجه للمدينة المنورة، ووصل إليها حاملا الأموال إلى أهلها وأعطاهم الهدايا ولم ير الرجلين وعندما سأل: هل بقي أحد لم يأخذ شيئا من الصدقة قالوا لا، فقال: تفكروا وتأملوا، فقالوا لم يبق إلا رجلان وهما غنيان يكثران من الصدقة، فأمر بهما، فرآهما نفس الرجلين في منامه فسأل عن منزلهما وذهب إليه ولم يجد سوى أموالا وكتبا في الرقائق، وحينما رفع الحصير وجد نفقا موصلا إلى الحجرة الشريفة، فارتاعت الناس وبعد ضربهما اعترفا بمخطط ملوك النصارى، فقتلا عند الحجرة، وبعد هذه الحادثة أمر نور الدين زنكي ببناء سور رصاصي متين يصل إلى منابع المياه حول القبر لئلا يلجأ أحد لهذا الأسلوب. والمحاولة الرابعة كانت بسبب أن بعض من النصارى نهبوا قوافل الحجيج، وعزموا على نبش القبر فركبوا البحر واتجهوا للمدينة، فجاءتهم مراكب من مصر والإسكندرية تبعوهم وأسروهم. أما المحاولة الخامسة والأخيرة فكان النية منها نبش قبري أبي بكر الصديق وعمر بن الخطاب رضي الله عنهما، في منتصف القرن السابع من الهجرة، ووصل المدينة أربعون رجلا لنبشهما ولم يتم ما أرادوه. وأوضح الباحث في تاريخ المدينةالمنورة الدكتور تنيضب عواده الفايدي، أن النبي صلى الله عليه وسلم بعدما انتقل إلى الرفيق الأعلى كان في حجرة عائشة، إذ استأذن من أمهات المؤمنين أن يمرض في حجرتها رضي الله عنها. ولما توفى النبي صلى الله عليه وسلم دفن في الحجرة وظلت عائشة رضي الله عنها تقيم في الجزء الشمالي منها، ليس بينها وبين القبر ساتر، فلما توفي الصديق رضي الله عنه عام 13 هجرية، دفن مع النبي صلى الله عليه وسلم، وكان دفنه بوصيته وموافقة عائشة، فدفن خلف النبي صلى الله عليه وسلم بذراع ورأسه مقابل كتفيه الشريفين، ولم تضع عائشة رضي الله عنها بينها وبين القبرين ساترا، وقالت: إنما هو زوجي وأبي، وبعد أن توفي عمر بن الخطاب رضي الله عنه عام 24 هجرية، دفن مع صاحبيه بعد أن أرسل للسيدة عائشة رضي الله عنها يستأذنها بالدفن بجانب صاحبيه، فأرسلت إليه قائلة: «كنت أريده وتعني المكان لنفسي، ولأوثرنه اليوم على نفسي»، فدفن خلف الصديق بذراع، ورأسه يقابل كتفيه، وبعد دفنه جعلت عائشة رضي الله عنها ساترا بينها وبين القبور الشريفة، لأن عمر ليس بمحرم لها فاحترمت ذلك حتى بعد وفاة الرسول صلوات الله عليه ورضي الله عنهم جميعا. وذكر الفايدي، أن الحجرة النبوية مر بناؤها بمراحل فكانت في عهد النبي صلوات الله عليه مبنية باللبن وجريد النخيل على مساحة صغيرة بجوار المسجد، ولم تكن ملتصقة بالمسجد النبوي فقد كان عليه الصلاة والسلام يترجل منها إلى المسجد للصلاة إلا أنها اليوم ملاصقة للمسجد، بعدما مرت بالعديد من الإصلاحات والترميمات حيث أبدل الجريد عمر بن الخطاب رضي الله عنه وبنى حائطا قصيرا فكان أول من بنى عليه جدارا عام 17ه. وبنت السيدة عائشة رضي الله عنها بينها وبين القبور جدارا، فقسمت حجرتها إلى قسمين، وأعاد عمر بن عبدالعزيز بناء الحجرة الشريفة بأحجار سوداء بنفس المساحة التي بني بها بيت رسول الله صلى الله عليه وسلم، ثم بنى حول الحجرة الشريفة جدارا ذا خمسة أضلاع حتى لا تشبه الكعبة في بنائها، فكان ذلك سبب التصاق الحجرة النبوية بالمسجد. كما جدد جدار الحجرة في عهد السلطان قايتباي، وحفر الملك العادل نور الدين خندقا حول الحجرة الشريفة، وصب فيه الرصاص للحيلولة بين الجسد ومن يريد الوصول إليه، فيما أقام الظاهر بيبرس عام 668ه، مقصورة خشبية ذات حواجز لها ثلاثة أبواب. ثم زاد الملك العادل زين الدين كتبغا عام 694ه، على حاجز المقصورة حتى أوصله إلى سقف المسجد، بينما أقام السلطان محمد بن قلاوون الصالحي عام 678ه، قبة فوق الحجرة صفحت بألواح من الرصاص. وجدد القبة الناصر حسن بن محمد بن قلاوون عام 881ه، بعد أن تأثرت من الحريق الذي وقع في المسجد عام 886ه، وجدد بناء القبة في عهد السلطان قايتباي عام 887ه، ووضعت لها دعائم قوية في أرض المسجد، كما أعاد السلطان قايتباي عام 892ه، بناء القبة مرة أخرى بالجبس الأبيض بعد أن تشقق أعلاها. وفي عهد السلطان محمود بن عبد الحميد أعيد بناء القبة لآخر مرة في عام 1233ه، عندما تشققت القبة في عهده، فأمر بهدم أعلاها وإعادة بنائه من جديد. وأشار الفايدي، إلى أن الحجرة الشريفة لها ستة أبواب، الجنوبي يسمى باب التوبة، وعليه صفيحة فضية كتب عليها تاريخ صنعه في عام1026ه، الباب الشمالي ويسمى باب التهجد، الباب الشرقي ويسمى باب فاطمة، الباب الغربي ويسمى باب النبي صلى الله عليه وسلم.