تتمثل مشاكل المياه في المملكة في الندرة النسبية والتلوث ونقل البطحاء والرمال من بطون الأودية وحفر الآبار العشوائية واستعمال أساليب الري غير المناسبة، إضافة إلى زيادة الطلب على المياه نتيجة التوسع في الاستخدام الزراعي والصناعي رغم افتقار المملكة إلى الأنهار الجارية والأمطار الغزيرة المنتظمة، وأدى ذلك حسب خبراء متخصصين إلى خلل واضح بين الطلب على المياه والكميات المتاحة من المياه السطحية والجوفية ومياه التحلية ومياه الصرف الصحي المعالجة، الأمر الذي أدى إلى زيادة السحب من المخزون المائي الاستراتيجي، ويعزى السبب في ذلك إلى أن القطاع الزراعي هو أكبر القطاعات استهلاكا للمياه الجوفية. يعتبر التلوث الناشئ عن استخدام الأسمدة الكيماوية والمبيدات وتصريف مياه المجاري في بطون الأودية من أهم العوامل التي تزيد من ندرة المياه في المملكة، مما يجعل بعضها غير صالح للاستخدام الزراعي. كما أدت عملية نقل البطحاء والرمال من بطون الأودية نتيجة الحركة العمرانية التي شهدتها المملكة في السنوات الأخيرة إلى زيادة ندرة المياه في المملكة نظرا للأضرار المترتبة على عملية نقل البطحاء والرمال التي تتمثل في تلوث المياه الجوفية نتيجة وصول الحفر إلى مستوى المياه الجوفية وظهورها على السطح، وبالتالي تزداد درجة ملوحتها بسبب التعرض للحرارة والتبخر. إضافة إلى أن الآبار العشوائية التي يتم حفرها دون الحصول على تراخيص من وزارة الزراعة والمياه تؤدي إلى إهدار كميات كبيرة من المياه في الطبقات التي يتم اختراقها أثناء الحفر، وبالتالي تختلط المياه المالحة بنظيرتها العذبة، أو قد تتدفق المياه من خارج أنابيب التغليف في حالة الآبار الفوارة. وأخيرا ما زالت معظم المزارع التقليدية تعتمد على الري بالغمر وبالتالي تستهلك كميات كبيرة من المياه مقارنة بالمزارع المتخصصة التي تعتمد على الري بالرش أو بالتنقيط. وعلى الرغم من الإنجازات الكبيرة التي تم تحقيقها لمواجهة احتياجات المملكة من المياه، إلا أن الزيادة السريعة والمستمرة في استهلاك المياه حسب خبراء المياه تثير بعض القضايا الأساسية المتعلقة بالسياسات الرامية إلى تحقيق المزيد من التنمية لقطاع المياه خلال السنوات القادمة ومن هذه القضايا : الزيادة المطردة في معدلات استهلاك المياه الجوفية غير القابلة للتجديد العميقة، حيث أدت هذه الزيادة إلى تغير في الميزان الوطني للمياه وكذلك انخفاض جودة المياه الجوفية في بعض المناطق. استمرار قطاع الزراعة في استهلاك حوالي 90 % من إجمالي المياه المستغلة واعتماد التوسع في إنتاج الحبوب بدرجة كبيرة على المياه الجوفية غير القابلة للتجديد في معظم المناطق. عدم الانتهاء من استكمال تنفيذ الدراسات الهيدرولوجية والهيدروجيولوجية التفصيلية اللازمة لتدعيم وتحديث قاعدة بيانات المياه، كما لم يتم إصدار الخطة الوطنية للمياه. ونظرا لما تتسم به الموارد المائية من ندرة فقد قامت المملكة بالعديد من المشاريع لتنمية الموارد المائية منها : تم إنشاء مئات السدود كمحاولة لحماية التجمعات السكانية والطرق الزراعية من السيول وتخفيف أضرارها للتربة ولاستخدامها في زيادة منسوب الطبقات الحاملة للمياه ولتأمين مياه الري للأغراض الزراعية، وذلك في مختلف مناطق المملكة، وأقيمت العديد من محطات تحلية مياه البحر لاستخدامها في أغراض الشرب ونحوها. إضافة إلى معالجة مياه الصرف الصحي حيث تم إنشاء العديد من محطات معالجة مياه الصرف الصحي ومحطات المعالجة. الدكتور عبدالوهاب رجب بن صادق خبير المياه والأستاذ بجامعة الملك سعود، يقول إن سياسة تطبيق رسوم مياه تشجع على ترشيد استخداماتها، تعتبر من أفضل سياسات استراتيجية ترشيد المياه في القطاع البلدي والصناعي وحتى الزراعي، وذلك ضمن سياسات استراتيجية إدارة الطلب للموارد المائية. ولكن يأتي بعدها في الأهمية سياسة دعم تصنيع وشراء الأجهزة والأدوات الصحية قليلة الاستهلاك للمياه صناديق الطرد صغيرة السعة، والحنفيات ذاتية الفتح. ويضيف، تأتي أهمية سياسة دعم المواد الصحية قليلة الاستخدام للمياه، كونها تركز على الأجهزة والأدوات الأكثر استهلاكا للمياه في المنزل، وهي صناديق الطرد لكراسي دورات المياه التواليت والحنفيات الصنابير، فعلى سبيل المثال، فإن أغلب خزانات الطرد السيفون في دورات المياه بالمملكة يستهلك نحو 12 لترا في كل عملية تنظيف، في حين هناك صناديق طرد بنصف السعة 6 لترات تعطي نفس مفعول التنظيف، مما يعني توفيرا كبيرا في استهلاك المياه المنزلية، خاصة إذا ما علمنا أن صناديق الطرد تستهلك بمفردها نحو 39 % من استهلاك المنزل يوميا. ولا يوجد إلى الآن أي نظام أو قرار حكومي في المملكة يمنع بيع أو استيراد أو تصنيع الأدوات الصحية المبذرة للمياه، وبالتالي لو قامت الدولة بدعم المستهلك لشراء صناديق الطرد ذات سعة 6 لترات فإن التوفير سيكون ضخما جدا. فعلى سبيل المثال يبلغ عدد المشتركين في مصلحة المياه والصرف الصحي في مدينة الرياض نحو 250 ألف مشترك فلل، بنايات، استراحات عام 1421ه وبأخذ معدل أربع دورات مياه لكل مسكن، فإن ذلك يعني وجود نحو مليون دورة مياه في مدينة الرياض على الأقل. فلو فرضنا أن الحكومة تبنت برنامجا لدعم تغيير 20 % فقط من صناديق الطرد الكبيرة سعة 12 لترا في مدينة الرياض، أي 200000 صندوق طرد بصناديق طرد صغيرة سعة 6 لترات فإن ذلك يعني توفير نحو 6000م3 يوميا بمعدل استخدام 5 مرات يوميا، وبحساب تكلفة 5 ريالات م3 من المياه، فإن ذلك يعني توفير نحو 30 ألف ريال يوميا أو 11 مليون ريال سنويا مقابل 80 مليون ريال تتحملها الدولة، بافتراض أن قيمة صندوق الطرد 400 ريال.