أجاز مجلس أمناء جامعة الأمير محمد بن فهد الخطة الخمسية الثانية للجامعة للفترة من 2012م إلى 2016 م. وصرح مدير الجامعة الدكتور عيسى بن حسن الأنصاري أن الجامعة عكفت على وضع خطتها الاستراتيجية مستفيدة من نتائج تحليل منجزات الجامعة وما تقابله من تحديات وآراء المختصين من داخل الجامعة وخارجها. وكان مجلس الأمناء ناقش في اجتماعه الأخير برئاسة أمير المنطقة رئيس مجلس الأمناء في تفاصيل الخطة التي اشتملت على العديد من الأهداف المتصلة بالنواحي الأكاديمية والإدارية والبحثية والتقنية ومتطلبات تطور الجامعة.