يتكون المؤتمر العام لمكتب التربية العربي لدول الخليج من وزراء التربية والتعليم في الدول الأعضاء (دولة الإمارات العربية المتحدة، مملكة البحرين، الجمهورية اليمنية، دولة الكويت، المملكة العربية السعودية، سلطنة عمان ودولة قطر )، وتكون رئاسة دورات المؤتمر العام، ومكان عقده وفق الترتيب الأبجدي لأسماء دوله، ويعقد دورة عادية مرة كل سنتين. ويقوم بوضع السياسات العامة لعمل المكتب، واتخاذ القرارات المناسبة، لتمكينه من أداء مهماته، ويصدر التوجيهات والقرارات، التي يراها مناسبة في كل ما يعرض عليه من شؤون العمل الخليجي التربوي المشترك، ويتولى مسؤولية تعيين المدير العام للمكتب، بناء على ترشيح من المجلس التنفيذي. كما ويعقد المؤتمر العام اجتماعا تشاوريا في السنة التي لا يعقد فيها المؤتمر العام، ويعتمد مشروع موازنة المكتب، وخطة عمله، بعد إعدادهما من الإدارة العامة، وإقرارهما من المجلس التنفيذي. المجلس التنفيذي ويتكون المجلس التنفيذي من عضو من كل دولة من الدول الأعضاء بدرجة وكيل وزارة، أو من في مستواه، كوكيل مساعد تسميه الدولة. ويمارس المجلس التنفيذي السلطة الممنوحة له من المؤتمر العام، ويعقد دورة اجتماعات عادية مرتين في كل سنة، على أن تسبق إحدى دورات الانعقاد دورة انعقاد المؤتمر العام، لإقرار مشروع جدول أعماله، والوثائق المعروضة عليه، ومتابعة تنفيذ البرامج والمشروعات المقرة، ومراقبة أوجه الصرف في الميزانية. كما يتولى المجلس التنفيذي مهمة ترشيح المدير العام المنتخب. المدير العام المدير العام هو المسؤول الرئيس للمكتب. وهو وحده المسؤول أمام المؤتمر العام، والمجلس التنفيذي، عن جميع أعمال المكتب ونشاطاته وبرامجه، والأجهزة التابعة له. المركز العربي للبحوث التربوية لدول الخليج هو جهاز متخصص في البحث التربوي، وتوحيد وتطوير المناهج، والكتب الدراسية، ومقره دولة الكويت. ويعقد مجلس أمناء المركز اجتماعا عاديا واحدا كل ستة أشهر. المركز العربي للتدريب التربوي لدول الخليج أنشئ المركز العربي للتدريب التربوي بناء على قرار المؤتمر العام الخامس عشر للمكتب في العام ( 1419 ه 1999 م )، ومقره مدينة الدوحة في دولة قطر. يهدف المركز إلى الإسهام في تطوير أداء القادة التربويين على أسس تربوية وعلمية حديثة، واطلاعهم على المستجدات التربوية، والتجارب، والتقنيات الحديثة في مجال عملهم، لتحقيق التطوير المهني. ويعقد مجلس أمناء المركز اجتماعا عاديا واحدا كل ستة أشهر. جامعة الخليج العربي أقر المؤتمر العام الرابع إنشاء الجامعة في العام 1399 ه الموافق 1979 م، وتمثل جهدا مشتركا بين الدول الأعضاء في مجال تحديث التعليم العالي، وتوجيهه لخدمة خطط التنمية، دون أن يكون فيها تكرار، أو منافسة للجامعات القائمة، ودعم مناهجها وتطويرها، بما يتفق مع التطورات العالمية الحديثة، واحتياجات المنطقة ودولها. ويعقد مجلس أمنائها اجتماعين على الأقل في كل سنة جامعية. وبموجب القرار الذي أصدره المؤتمر العام السادس عشر لوزراء التربية والتعليم والمعارف، فقد نقلت صلاحيات الإشراف على الجامعة إلى المؤتمر العام للجامعة، المكون من وزراء التعليم العالي والبحث العلمي، بدول مجلس التعاون لدول الخليج العربية، مع استمرارها تحت مظلة مكتب التربية العربي لدول الخليج.
