يحكم أعمال منظمة اليونسكو هيئتان رئيستان، الأولى هي هيئة المؤتمر العام الذي ينعقد كل سنتين وتشارك الدول فيه بوفود رفيعة المستوى يرأسها وزراء، وأغلبهم وزراء التربية أو وزراء التعليم العالي أو وزراء الثقافة. وتقع على هذه الهيئة مسؤولية إقرار برامج المنظمة، ميزانياتها، أنشطتها، وخططها القصيرة والطويلة الأجل. وهي التي تخول الهيئة الثانية المتمثلة في «المجلس التنفيذي» مراقبة سير عمل المنظمة وتوفير الشفافية، ويتابع تنفيذ ما تتخذه الهيئة الأولى من قرارات. وكانت المنظمة مثارا للجدل بشكل كبير على مر الزمن، فخلال السبعينيات والثمانينيات اعتقدت الدول الغربية وبخاصة الولاياتالمتحدةالأمريكية وبريطانيا أن المنظمة مستغلة من قبل الشيوعيين، ودول العالم الثالث لمهاجمة الغرب الأمر الذي حدا بالمنظمة أيام مديرها العام الشهير أحمد مختار أنبو لتطوير خطة سميت «النظام العالمي الجديد» لإيقاف الآراء والمعلومات حولها التي انتشرت عن مسألة تطوير دول العالم، إلا أن الغرب رفض هذه الخطة بحجة أنها محاولة من دول العالم الثالث والدول الشيوعية لتدمير حرية الإعلام فانسحبت أمريكا من المنظمة عام 1984 وتلتها بريطانيا عام 1985م، ثم عادت بريطانيا للمنظمة عام 1997م تلتها أمريكا عام 2003م، ثم عادت الولاياتالمتحدةالأمريكية عام 2011 لتجميد الدعم المادي للمنظمة بعد أن صوت المؤتمر العام في دورته 36 لهذا العام على انضمام دولة فلسطين بكامل العضوية لليونسكو بأغلبية 107 أصوات في قرار تاريخي غير مسبوق. وللمنظمة أربعة برامج أساسية هي التربية، الثقافة، العلوم الطبيعية والاجتماعية، والاتصالات والإعلام. وتدعم اليونسكو العديد من المشاريع كمحو الأمية، التدريب التقني، برامج تأهيل وتدريب المعلمين، برامج العلوم العالمية، المشاريع الثقافية والتاريخية، واتفاقيات التعاون العالمي للحفاظ على الحضارة العالمية والتراث الطبيعي وحماية حقوق الإنسان. ويعد المجلس التنفيذي سلطة نافذة في منظمة اليونسكو، ومن أبرز اختصاصاته: التوصية بقبول الدول الأعضاء الجدد في منظمة اليونسكو، اقتراح مرشح لمنصب المدير العام الذي يعينه المؤتمر العام، إعداد جدول أعمال المؤتمر العام، دراسة برنامج العمل وتقديرات الميزانية، القيام بمهام استشارية لدى الأممالمتحدة، إمكانية طلب مشورة محكمة العدل الدولية، الموافقة على الاتفاقات الدولية، قبول الهدايا والتبرعات والموارد المادية، يراقب كيفية تنفيذ الأنشطة في المناطق الجغرافية ويطالب بسلسلة من أمور الترشيد والتقنين والإصلاحات في مختلف المجالات، يرخص بنقل الاعتمادات من باب لباب آخر، يقر عقد المؤتمرات الدولية ويتابع ما يتخذ من قرارات دولية في مختلف القطاعات المتخصصة للمنظمة. يطالب بالتنسيق مع وكالات الأممالمتحدة ومنظماتها لتجنب الازدواجية، ويعالج قضايا الموظفين، يقر افتتاح مكاتب للمنظمة في الأقاليم، يطلع على سير معاهد اليونسكو وأنشطتها. وينعقد المجلس في دورتين كل عام، بينما يقام المؤتمر العام للمنظمة كل عامين بحضور نخبة من رؤساء الدول والوزراء والخبراء من مختلف أنحاء العالم.