بالنظر إلى أهمية عوائد البترول بالنسبة للاقتصاد السوداني، وتأثيراته الجذرية في التنمية ومستويات الدخل القومي، وانعكاس ذلك على الحياة اليومية للمواطنين ونصيب الفرد من الدخل القومي، فقد احتلت الأجزاء الخاصة بالنفط في اتفاق تقاسم الثروة أهمية خاصة لدى القوى السياسية على اختلاف انتماءاتها في الشمال والجنوب. وقد رأى العديد من الساسة الشماليين على شاكلة زعيم حزب الأمة ورئيس الوزراء الأسبق الصادق المهدي؛ أن الصيغة التي تم التوصل إليها باقتسام عائدات نفط الجنوب مناصفة، سوف تغري الجنوبيين بالانفصال، ولن تكون عاملا مساعدا للحافظ على الوحدة؛ إذ إنهم سوف ينزعون في هذه الحالة إلى اختيار الانفصال في كيان مستقل من أجل الحصول على كل العائدات وليس نصفها فقط. وأنه كان من الأفضل أن يحصل الإقليم الجنوبي على نسبة من الإيرادات النفطية الشاملة على مستوى كل السودان، وأنه لا مانع من إعطائه نوعا من التميز النسبي قياسا إلى الأقاليم الأخرى بالنظر إلى احتياجه الملح للبنية التحتية، ومعالجة آثار الحرب التي استمرت طوال أكثر من عقدين. وفي المقابل على الطرف الجنوبي، نجد أن هناك أيضا بعض الاعتراضات، حين احتجت قبيلة النوير التي تقع في أراضيها معظم الحقول المنتجة الآن (ولاية الوحدة) على تخصيص 2 في المائة فقط من العائدات للولاية، وذلك باستخدام نفس المنطق الذي كانت تطرحه الحركة الشعبية في المفاوضات، على اعتبار أن هذا النفط هو ملك لقبيلة النوير وحدها، وأنه لا يصح للجنوبيين من القبائل الأخرى الاستيلاء عليه، لأنه لا يستخرج من أراضي هذه القبائل. وتبصرا لهذا، استغرق الجزء الخاص بكيفية اقتسام عائدات النفط وقتا طويلا في المفاوضات عبر مساومات صعبة بين مواقف متقاطعة. ففي الوقت الذي كانت الحكومة السودانية ترى فيه أن النفط ثروة قومية لكل السودان، كان مفاوضو الحركة الشعبية لتحرير السودان يرون أن هذا النفط من حق الجنوبيين لأنه يستخرج في معظمه من أراضي الإقليم الجنوبي، وتبعا للمفهوم السائد في الجنوب حول الملكية الجماعية للأرض، فإن هذه الثروة تخص الجنوبيين وحدهم وليس من حق الآخرين مشاركتهم فيها، غير أنه تم الاتفاق في نهاية المطاف على تخصيص نصف عائدات النفط المستخرج من الإقليم الجنوبي طبقا للحدود الإدارية التي كانت قائمة عند الاستقلال في أول يناير1956.