بدأت جامعة الباحة القبول في برنامج الماجستير للطالبات والطلاب، وبرامج الدبلومات العليا للفصل الدراسي الأول 1431/1432ه، خلال الفترة من 5 16/8/1431ه. وأكد مدير الجامعة الدكتور سعد بن محمد الحريقي، أن التخصصات المتاحة للالتحاق بالدراسات العليا في برامج الماجستير تشمل تقنية المعلومات والاتصالات في التربية، القيادة التربوية، التربية الخاصة لرعاية الموهوبين والمتفوقين، وإدارة الأعمال (MBA). وأوضح أن الدراسة في مرحلة الماجستير ستكون خلال الفترة المسائية لمدة ثلاثة أيام في الأسبوع، وستكون المفاضلة للقبول في البرنامج وفق التقدير الأعلى، وبين أن البرامج المتاحة للالتحاق بالدراسات العليا في برامج الدبلومات العليا تتضمن برنامج الدبلوم العالي في «التوجيه والإرشاد»، وبرنامج الدبلوم العالي في «مصادر التعلم»، وبرنامج الدبلوم العالي في «الدبلوم العام في التربية»، مشيرا إلى أن المفاضلة للقبول ستكون وفقا للمعدل التراكمي الأعلى. وذكر أن برامج الماجستير في تخصصات تقنية المعلومات والاتصالات في التربية والقيادة التربوية والتربية الخاصة لرعاية الموهوبين والمتفوقين تم طرحها بالتعاون مع جامعة أوهايو الأمريكية، فيما تم طرح برنامج الماجستير في إدارة الأعمال بالتعاون مع جامعة فلوريدا أتلانتك الأمريكية.