قال أيمن الظواهري الرجل الثاني في تنظيم القاعدة في رسالة منشورة على شبكة الانترنت يوم الخميس ان زعيم القاعدة اسامة بن لادن طلب منه تذكير المجاهدين بأن يتفادوا الهجمات على أهداف مدنية. وقال الظواهري في تسجيل صوتي "هناك بعض العمليات التي تنسب الى المجاهدين حقا او زورا التي يتم فيها الاعتداء على المسلمين في مساجدهم او اسواقهم او تجمعاتهم ...اقول بغض النظر عن صحة او زيف نسبة العمليات للمجاهدين فاني واخواني في جماعة قاعدة الجهاد نبرأ الى الله من هذه العمليات ونستنكرها سواء كانت من ارتكبها المجاهدون او غيرهم." وكان الملا عمر زعيم حركة طالبان وابن لادن وغيرهما من الشخصيات الجهادية اتخذوا مواقف مماثلة من قبل ولكن الظواهري قال ان ابن لادن اراد التأكيد مجددا على هذا الامر. وقال الظواهري في رسالته المعنونة (رسالة الامل والبشر) " لقد كلفني الشيخ اسامة بن لادن حفظه الله مجددا ان اؤكد على هذا الامر ولذا فاني انصح كل مجاهد ان يراعي احكام الشريعة ومصلحة المسلمين قبل الشروع في اي عملية جهادية ...وان يحرص كل الحرص في تخطيطه لاي عملية ان يتجنب اصابة من لا يحل اصابته سواء كان مسلما او غير مسلم الا ما وقع خطأ رغما عنه." وقال ان حادث التفجير الذي وقع في كنيسة القديسين بالاسكندرية بمصر في بداية العام الجديد كان سببه "تجاوزات الكنيسة القبطية الارثوذكسية وتغولها وتحولها لحكومة داخل الحكومة او ان شئت التدقيق حكومة فوق الحكومة." ولم يمكن التحقق من صحة التسجيل الصوتي من مصدر مستقل لكنه نشر في مواقع اسلامية على الانترنت غالبا ما يستخدمها انصار القاعدة وبدا أن الصوت هو صوت الظواهري. وكانت رسالة الظواهري التي كتبت تعقيبا على الانتفاضة الشعبية في بلده مصر الجزء الثاني من تسجيل حمل تاريخ الشهر الهجري الذي انتهى قبل نحو اسبوع من تنحي الرئيس المصري حسني مبارك في 11 من فبراير شباط.