أعلن فضيلة الإمام الدكتور أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف حزنه الشديد وإدانته لمظاهر العنف البغيضة في حارات وشوارع مدن مصر ومن تعدٍّ على المقدسات والمساجد والأنفس المعصومة، وكذلك ما يتردد من اعتداءات على الدولة والقانون وذلك عندما يأخذ الأفراد حقوقهم بأيديهم بعيداً عن النيابة والقضاء والمؤسسات المختصة. ووفق ما نشرته وسائل الإعلام بالقاهرة الثلاثاء 26 مارس 2013، أكد الإمام الأكبر عقب لقائه الدكتور عبدالله بدران رئيس الهيئة البرلمانية لحزب النور، والوفد المرافق له بالمشيخة، أن موقف الأزهر واضح أشد الوضوح بالنسبة لدوره في المجتمع، فلسنا في دولة دينية بالمفهوم الغربي، ولسنا دولة ولاية الفقيه، إذ الأزهر يعارض أشد المعارضة دولة ولاية الفقيه، والإسلام لا يعرف هذه الصور الثيوقراطية من الحكم الديني كما هو معروف في العصور الوسطى في الغرب. وتم خلال المقابلة استعراض عدة قضايا، منها قضية فيديو الدكتور ياسر برهامى وما قيل فيه من اتهامات للأزهر، حيث أعرب فضيلة الإمام عن ألمه الكثير لما شاهده في هذا الفيديو من افتئات وخاصة أن الأزهر على علاقة طيبة بالدكتور برهامي. وحرص المهندس عبدالمنعم الشحات المتحدث باسم الدعوة السلفية على تقبيل رأس ويد شيخ الأزهر معتذراً له عن كل ما حدث من قبل الدكتور برهامي، وقبل الإمام الأكبر اعتذاره قائلاً إن همومنا واحدة، وينبغي أن تصرف الجهود إلى ما فيه صلاح مصر وأهلها. ورحب الإمام الأكبر بالوفد؛ لأن الأزهر الشريف بيت الأمة المصرية، وهو يفتح أبوابه - كعادته - لكل المصريين، وأن هناك كثيراً من علامات الاستفهام التي تحتاج إلى التفكير والتأمل والبحث والتحليل، وذلك بامتلاك القدرة على فهم الواقع وتحديد مواطن الخلل ودقة التعامل معه في ضوء الإمكانات المتوافرة. وأضاف بدران في تصريح عقب لقاء الإمام الأكبر أن حزب النور متمسك بعرض كل القوانين على هيئة كبار العلماء بالأزهر، مُثمِّناً جهود الإمام الأكبر، والهيئة في الدفاع عن أهل السنة والجماعة ضد أي مخالف.
وأشار إلى أن هيئة كبار العلماء هي محل العلم والفتوى والاجتهاد الجماعي الذي يرشد الأمة إلى ما فيه خيرها في الدنيا والآخرة.