لقد درس ابو بكر الرازي كتب استاذه الكبير جابر بن حيان الازدي, والتي كانت تمتاز عن غيرها من مؤلفات معاصريه بربط علم الكيمياء بعلم الفلسفة (المنطق). لذا نجد ان ابا بكر الرازي تجنب ذلك وبلور فكرة ان الكيمياء لها حيثياتها المخبرية, والفلسفة لها مكان آخر ومن الصعب الخلط بينهما. ولاشك في ان الرازي اهتم بالتنظيم واستعمال المصطلحات الدقيقة, فظهرت مصنفاته سهلة الفهم. كما تواتر انه يرى ان علم الكيمياء من فروع المعرفة المهمة جدا التي لايستطيع انسان ان يكون فيلسوفا بدونها. والثابت ان مؤلفات جابر بن حيان الازدي كانت اهم المصادر التي اعتمد عليها ابو بكر في بحوثه في ميدان علم الكيمياء. ويقول جلال مظهر في كتابه (حضارة الاسلام واثرها في الترقي العالمي) كان الرازي اول من عالج هذا العلم من الكيمياويين, وحرر كتاباته الكثيرة من الخرافات والابهام. والرازي ربما لم يطاول عبقرية جابر بن حيان ولكن طريقة تفكيره الواضحة المنظمة, وتعبيراته الدقيقة, جعلت تآليفه سهلة الفهم دائمة الفائدة. ولاشك في ان الخطة التي انتهجها الرازي في تصنيف المواد المستعملة في الكيمياء, تبين فراسة كيماوية قوية. حاول ابو بكر الرازي وبكل نجاح ان يبتعد عن الرمزية كل البعد في ميدان علم الكيمياء, وركز على التجربة المخبرية الدقيقة والاخذ بنتائجها. لذا يقول توفيق الطويل في كتابه (العرب والعلم في عصر الاسلام الذهبي ودراسات علمية اخرى) وقد وفق ابو بكر الرازي في كتابه (سر الاسرار) الذي ترجمه يوليوس روسكا الى تخليص الكيمياء من الرمزية والغموض, واتجه بها اتجاها استقرائيا علميا, واقتصر على النتائج التي هدته اليها التجربة العلمية. يعتبر ابو بكر الرازي بجميع المقاييس من عمالقة علم الكيمياء عبر العصور. وقد قضى في دراساته لهذا العلم الحيوي مدة من الزمن معتكفا في معمله.. حضر الكثير من المواد الكيمياوية المعروفة لدى علماء القرن الحادي والعشرين الميلادي. لذا كان الغربيون والشرقيون يعتبرونه احد مؤسسي الكيمياء الحديثة. كما الف كتبا كثيرة في هذا المضمار بالغة الاهمية والروعة وفي مقدمتها كتابه (سر الاسرار). والحق ان ابابكر الرازي كان جم الطاقة والمهارة, وهذا يظهر واضحا وجليا من انتاجه الغزير في مجالي الطب والكيمياء. ويمتدح جمهرة من علماء العرب الرازي في كتابهم الموجز في تاريخ الطب والصيدلة عن العرب بقولهم: ان للرازي كتبا قيمة في الكيمياء, مما جعل البعض يعده مؤسس الكيمياء الحديثة في الشرق والغرب. وفي كتاب الاسرار شرح منهاجه في اجراء التجارب, فكان يصف المواد التي يجري عليها التجارب, ثم يصف الادوات والآلات التي يستعملها, ثم طريقة العمل. كذلك وصف الرازي الاجهزة العلمية التي كانت معروفة في عصره, فوصف اكثر من عشرين من هذه الاجهزة المعدنية والزجاجية, وكان وصفه دقيقا, عني فيه بذكر التفاصيل الدقيقة, وكان لمعرفته بالكيمياء اثر في طبه, فكان ينسب الشفاء الى التفاعلات الكيميائية التي تجري بالجسم.