انتقد الدكتور محمد الأحمري تعامل بعض الإسلاميين السطحي مع الأفكار والمصطلحات مثل العلمانية والتنوير والقومية والشيوعية، مؤكداً أن مثل هذه الأفكار "لم تولد اعتباطا ولم تُوجد ويقبلها الناس لأن فيها شرا مدمرا للعالم، بل رأوا فيها خيرا عاما أو خاصا". وأضاف الأحمري في تصريح ل "الوطن": "لا أشك أن جوانب من العلمانية والتنوير والشيوعية قد حملت خيرا للبشرية في أكثر من بقعة من بقاع العالم، ومن عرف نظام أوروبا الاجتماعي قبل الشيوعية وبعده يعرف مقدار الخير الذي جلبته الثورة الشيوعية لأوروبا الغربية - التي لم تخضع للشيوعية - لكنها سنت نظما للوقاية منها، فسعد الإنسان بإجراءات الوقاية أكثر من الذين طبقوا الفكرة الشيوعية، ومن الرأسمالية القاسية، وخفف هذا الخوف من الشيوعية من بؤس الإنسان، وجنبت الناس إرهاق الرأسماليين الكبار للعمال والفقراء، فبعد نجاح الثورة الشيوعية في روسيا اتجه وضع العمال في العالم كله إلى التحسن وبخاصة في الدول التي خافت من قدوم الشيوعية لها، فتسابقت في تحسين حقوق العمال قبل أن يثوروا." الدكتور الأحمري الذي واجه انتقادات حادة من قبل بعض الإسلاميين الرافضين لمواقفه الداعمة للحرية، والديموقراطية، والتعددية يؤكد على ضرورة إدراك أن "الأفكار عندما تصاغ ويسهر عليها بناتها ويحسنونها ويدفعون الاعتراضات عنها فإنهم يبنون فكرة لخير الناس أو لشرهم، لخير قوم ولضرر آخرين أو ربما لخير البشرية جمعاء، والأفكار الكبرى في العالم غالبا جاءت لتحل مشكلات وإشكالات ذهنية أو سلوكية، واقعية عند أصحاب الفكرة، وكثيرا ما يرى أصحابها الخير فيها أو في جوانب كثيرة منها." ويرى الأحمري أن المصطلحات التي تشيع عندنا من "الأفكار والملل والنحل في العالم هي غالبا تختلف عما هي عليه في أصولها وتطبيقاتها في العالم، فتعريف التنوير هنا يختلف عنه في غير بلداننا، وكذا كثير من المفاهيم الأخرى، مثل الليبرالية والقومية والعلمانية وغيرها، فهي تنقل لنا غالبا بطريقة جزئية، أي ينتزع الاسم من فكرة أجنبية باقتطاع جانب منها، ثم يواءم مع فكرة أو حركة أو مواقف عندنا، ويولد هذا منتجا جديدا ثم بعدها نقول هذه التي هنا هي نفسها تلك الفكرة التي هناك." ويمثل الأحمري على كلامه بحركة التنوير في الغرب التي "ارتبطت بمحاربة الكنيسة التي كانت تملك الدنيا والآخرة وتملك المال والتعليم وتتآمر مع الحكام ضد الشعوب، وتحكم العالم من خلال رؤية ظلامية مسيحية مغلقة، فكان تخليص المجتمع المسيحي من ذلك المفهوم للدين ومن هيمنته على الناس من أهم أهداف التنوير الغربي." ويضيف: "نحن نختلف وسنكون مختلفين ما دامت لنا ثقافة مختلفة، ولذلك تضطرب المصطلحات عندما تأتينا من الخارج، وللأسف تأتينا عناوين مجملة، فنقف ضدها بسبب انطباعات مسبقة، لا بسبب الفهم، نقف رافضين لها، أو مندفعين لقبولها، ثم نختصم على أخلاط من المواقف منها الحق ومنها الباطل، وكثيرا ما نلح على أن ما نحن عليه صواب قطعا، وما عليه غيرنا خطأ قطعا، هذه بداية مانعة من التفكير وصادة عنه، وكان الأولى بنا أن نأذن بأن نفهم أولا ما يدور، ولا يتقدم المفسرون قبل أن تصل المعلومات والأفكار بوضوح." وفي سياق اتهام الأحمري مؤخراً داخل النقاشات الحادة بينه وبين بعض الإسلاميين بميوله التنويرية الليبرالية، يقول موضحاً حقيقة موقفه من التنوير الإسلامي: " إذا كنت تقصد بالتنوير تقييم ما استقر عند العامة والخاصة من مفاهيم عن الدين، في التمييز بين ما ورثوه منه وما هو حق وأصيل فيه، ففي هذا الحال نعم أنا ممن يهتم بالتنوير من أجل تنوير نفسي ووعيي قبل غيري، فالأمانة تفرض عليك الصدق مع نفسك قبل أن تردد ما سمعت، والأسئلة التي أناقشها أهمتني قبل إشراك الغير، ولكني وجدت الكثير مما يشغلني يهتم به مثقفون آخرون من قبلي ومن بعدي، وهذه ظاهرة تدل على خير وتجديد يبدأ في أذهان أفراد ومن معاناتهم ثم تصبح موجة عامة". ويرى الأحمري أن استقرار واستمرار التنوير بهذا المفهوم سوف يعد "بمكاسب جليلة للناس في دينهم ودنياهم، وأما إن حصلت له إعاقات ومصادمات فقد يخسر الناس خيرا كثيرا. وتاريخنا للأسف في هذه الإعاقات كبير، إلا أن تواصل العالم وضغط بعض الأفكار المؤثرة في الأفق وتوزع المسلمين على العالم كله، وكثرة مثقفيهم ونجابتهم الآن قد تُعين على الاستمرار في تجديد الأفكار والممارسات ولك أن تسمي هذا تنويرا."