في وقت تحدث ممثل روسيا في مفاوضات أستانا عن توقعات بانسحاب الميليشيات الإيرانية من سورية بعد تثبيت الهدنة، كذلك فرض مناطق حظر جوي بالمناطق الآمنة المقترحة تشمل قوات التحالف الدولي، لم يشر المسؤول الروسي إلى إسرائيل وقيامها بغارات على مواقع أغلبها في المناطق التي يشملها الاتفاق، مما يثير تساؤلات عن اتفاقات تحت الطاولة بين موسكو وتل أبيب تسمح بمواصلة إسرائيل عملياتها في سورية عندما ترى ذلك مناسبا. وحسب مراقبين فإن رئيس الوزراء الإسرائيلي، بنيامين نتنياهو، قدم مؤخرا تفسيرا لافتا لحرص روسيا على مراعاة مصالح إسرائيل في سورية، حيث أعلن في تصريحات إعلامية بمناسبة حلول «عيد الاستقلال» ال69 لإسرائيل، بأن الروس أذعنوا لطلبه بمراعاة المصالح الإسرائيلية بعد تهديده للرئيس الروسي فيلاديمير بوتين. وذكر نتنياهو «قلت لبوتين: إما أن يتفق جيشانا على تنسيق تحركاتهما في سورية، وإما أننا سنتصادم لا محالة». سلاح حزب الله وأوضح نتنياهو أن إسرائيل تشن غاراتها في سورية بالتنسيق مع روسيا، وبعلم بوتين وعدم اعتراضه، متعهدا بمواصلة شن الغارات في قلب سورية كلما تبين لتل أبيب أنه يتم نقل السلاح إلى حزب الله. وأضاف أنه أبلغ بوتين بمواصلة العمل ضد عمليات تهريب السلاح في سورية، وأنه سيواصل إصدار التعليمات للجيش الإسرائيلي بشن الهجمات في العمق السوري. وقال نتنياهو إنه يتوجه لموسكو كل عدة أشهر؛ من أجل تجديد بيئة التنسيق والتعاون مع الروس في سورية، مشيرا إلى أنه يفضل آلية العمل القائمة على التنسيق مع الروس وليس التصادم معهم. وشدد على أن هدف إسرائيل الثاني في إسرائيل يتمثل في عدم السماح لإيران بوجود عسكري دائم في سورية، وقال «تخيلوا لو تمكن الإيرانيون من تدشين ميناء لهم في سورية، أو تمكنت غواصة إيرانية من الإبحار في الممرات التي تستخدمها قطعنا البحرية»، في إشارة إلى أن إسرائيل لن تسمح بذلك.