طالبت منظمات أهلية مهتمة بحقوق الإنسان في مصر الأجهزة الأمنية بتوخي الحذر من الانتهاكات الواسعة لحقوق المواطنين والعمل على تضييق دائرة الاشتباه، وجعل عمليات الاعتقال «نوعية» وليست عشوائية، وذلك لتفادي بعثرة جهود التحقيق، وأيضا لتفادي الأخطاء السابقة التي وقعت في أعقاب حادثة طابا في أكتوبر الماضي، والتي ينظر إليها الكثيرون على أنها كانت خطأ أمنيا وسع من دائرة التعاطف مع خلايا العنف في سيناء . وفي سياق متصل وفي محاولة لاحتواء الموقف وأي توتر قد ينجم عن تلك الأحداث في ظل تعالي الأصوات بأن هناك تقصيرا أمنيا حدث في شرم الشيخ تدرس وزارة الداخلية إحالة مجموعة كبيرة من القيادات الأمنية في محافظة جنوبسيناء على التحقيق، على خلفية الإقرار بأن الوزارة كانت لديها معلومات مؤكدة قبل ثلاثة أيام تفيد بأن مدينة شرم الشيخ مستهدفة بسلسلة من الأعمال الإرهابية، ويفترض أن الإجراءات الأمنية مشددة في المدينة ومداخلها والمنطقة المحيطة بها . وتزايدت التساؤلات حول هذه التفجيرات بعد تزايد غموض الموقف بعد نشر معلومات جديدة عن تبني تنظيم جديد يدعى «مقاتلو مصر المجاهدون» للعملية، وهو ما يناقض المعلومات السابقة عن تبني «تنظيم القاعدة في بلاد الشام وأرض الكنانة .. جماعة عبد الله عزام» للعملية وهو ما لا يمكن معه القطع بصحة أحد البيانين أو ترجيحه . كانت مصادر أمنية قالت انها تشتبه في تسعة رجال دخلوا مصر بجوازات سفر باكستانية يوم 5 يوليو الحالي، وهو توقيت متوافق مع تاريخ دخول السيارة ذات اللوحات الجمركية التي تم استخدامها في عملية تفجير فندق غزالة غاردنز، وأن التحريات تسير بجدية في هذا الاتجاه لمحاولة التأكد من افتراض الربط بين المعلومتين . على جانب آخر أكدت الأجهزة الأمنية الإسرائيلية مجددا، وبإصرار، على دقة المعلومات التي كانت لديها ونشرتها منذ أسابيع عن وجود خطط لعمليات إرهابية تستهدف المناطق السياحية في مدينة شرم الشيخ، وزعمت أن هذه التحذيرات أنقذت حياة الآلاف من السائحين الإسرائيليين، وعادت لتؤكد على مزاعمها السابقة بأن المتفجرات دخلت إلى مصر عن طريق الأردن، وهو ما طرح أكثر من تساؤل عن دور إسرائيلي غامض في تسهيل أو التعتيم على تحركات قوى قدمت دعما خارجيا للمجموعة التي قامت بالعملية وطرح بعض المحللين المصريين هذه الفرضية . كانت احتمالات وجود دعم خارجي للمجموعات التي نفذت العملية في شرم الشيخ تزايدت بعد تأكيد المعمل الجنائي المصري على أن نوعية المتفجرات المستخدمة هي من النوع المتطور للغاية، وغير المعروف في سيناء، كما ان المجموعات المنفذة نجحت في طمس الأرقام الخاصة بمحركات السيارات المستخدمة في العملية وكذلك أرقام الشاسيهات بما يعني أنهم مدربون بشكل عال وليسوا هواة أو مبتدئين . كانت أجهزة الأمن المصرية اعتقلت 90 شخصا يشتبه في صلتهم بتفجيرات شرم الشيخ، وتتحاشى أجهزة الأمن الوقوع في دائرة اعتقال أعداد كبيرة كما حدث عقب تفجيرات طابا حيث وصل عدد المعتقلين إلى نحو 9 آلاف شخص .