الإجراء المتبع في الهيئة لقضايا الفساد، أو البلاغات التي يتم اكتشافها، أو ترد إلى الهيئة متضمنة معلومات عن ممارسات تنطوي على فساد، هو التعامل معها وفقاً لتنظيم الهيئة، حيث قضت الفقرة (2) من المادة الثالثة منه، على أن تتحرى الهيئة عن أوجه الفساد المالي والإداري، في عقود الأشغال العامة وعقود التشغيل والصيانة وغيرها من العقود، وبعد ذلك وفقاً للفقرة (3) -من المادة نفسها- تحيل الهيئة المخالفات والتجاوزات المتعلقة بالفساد الإداري والمالي عند اكتشافها إلى الجهات الرقابية أو جهات التحقيق بحسب الأحوال، وبموجب هذه الفقرة أيضاً فإن للهيئة حق الاطلاع على مجريات التحقيق ومتابعة سير الإجراءات في هذا الشأن، ولها أيضاً أن تطلب من جهات الاختصاص اتخاذ التدابير الاحترازية أو التحفظية في شأن من توافرت أدلة وقرائن على ارتكابه أفعالاً تدخل في مفهوم الفساد، وفي جميع الأحوال إذا رأت الهيئة أن تلك المخالفات والتجاوزات تمثّل بُعداً مؤسسياً لأي من الجهات المشمولة باختصاصات الهيئة فعليها رفع الأمر إلى الملك لاتخاذ ما يراه، والهيئة ليست جهة تحقيق بذاتها، بل هي جهة تحقيق وتحرٍ وتجمع الأدلة والاثباتات والقرائن حول القضايا التي تكشفها أو تبلّغ بها. إجراءات الإحالة لا تزال «غامضة» و«روتينية» وربما تترك «ثغرات» الهروب من العقوبة وقضت المادة الرابعة من تنظيم الهيئة الوطنية لمكافحة الفساد، بأن تتعاون الجهات الرقابية المختصة مع الهيئة في مجال عملها، بما يحقق تكامل الأدوار واتساقها في سبيل تنفيذ اختصاصات كل من تلك الجهات، فدور الهيئة مع هيئة الرقابة والتحقيق، وديوان المراقبة العامة، ووزارة المالية، هو دور تكاملي، ليس فيه تعارض ولا ازدواجية، وحتى الآن هناك تعاون شبه تام مع الهيئات الرقابية والهيئة. د.الغيث: «غسيل السلّم من فوق» دون استثناء ل«كائنٍ من كان» منع الازدواجية والتأخير ودعا "د.عيسى الغيث" - قاضي في وزارة العدل - إلى ضرورة أن يكون لهيئة مكافحة الفساد دور أكبر في مساءلة المتورطين في قضايا الفساد ولا تكتفي فقط بالتحري وجمع الأدلة، مشيراً إلى أن العلاقة بين الجهات الرقابية بحاجة إلى تفصيل أكثر في الاختصاصات دون أن يكون هناك ازدواجية أو تأخير، فمثلاً لا يكفي أن تتطلع الهيئة على إجراءات فساد عند مسؤول ولا تشارك في التحقيق معه، بل ولا يمكن أن نحاسب كائناً من كان بهذه النوعية من الإجراءات والاختصاصات، مؤكداً على أن مكافحة الفساد شعار يجب أن يُطبّق على الجميع دون استثناء. د.عيسى الغيث وقال إن محاسبة ومساءلة المسؤولين الكبار له نظام خاص، وهو نظام موجود منذ عشرات السنين، إلاّ أنه لم ير أحداً من هؤلاء تم محاسبته بموجب هذا النظام -على حد قوله-، إذ أن محاسبتهم مفترض أن تكون ضمن هذا النظام وليس ضمن نظام "هيئة مكافحة الفساد"، مبدياً تخوفه من إمكانية الالتفاف على الأنظمة والقرارات والتعليمات، داعياً إلى تطبيقها وتطويرها وسدّ جميع الثغرات التي من الممكن أن يُلتفّ عليها. وأضاف إن المشكلة الحقيقية ليست منحصرة في موظف يخرج خارج الدوام ولا يعمل، وليس في من يأخذ انتداباً ولا يسافر، أو في من يستخدم السيارة أو حتى القلم لشؤونه الخاصة، - وجميع هذه لابد أن تعالج -، ولكن الأهم أن يُنظر إلى المشكلات الكبيرة التي أصبحت تتضخم يوماً بعد آخر، داعياً إلى الأخذ بالمثل القائل "غسّل السلم من فوق"؛ أي أن التنظيف لابد أن يبدأ من الكبار نزولاً للصغار، وإلاّ فلن يجدي نفعاً أن يتم تنظيف فساد الموظفين الصغار، ويبقى فساد الكبار موجوداً وينعكس على صغار الموظفين. وأشار إلى أن الهيئة يجب ألا تتوقف عند البحث عن الفساد، والمفسدين، واستغراق الوقت الطويل بحثاً عن الأدلة والتحري عنها، -ومع ذلك الجهد المقدّر- لا بد أن تبادر الهيئة في تلمس مواقع الخلل التي يعبّر عنها المواطن في شكواه، والخيوط التي قد تنكشف عن ذلك الخلل، فمثلاً احتكار الأراضي أدى إلى تأخير مشروعات الإسكان.