لازالت دولة اريتريا المجاورة للسودان من ناحية الشرق تلعب دوراً تراه الخرطوم مشبوهاً في الشأن السوداني، حيث اثارت محاولة مشاركتها بوفد في مفاوضات ابوجا بين الحكومة السودانية وحركتي تحرير السودان والعدل والمساواة المتمردتين في دارفور اثارت جدلاً واسعاً أدى إلى توقف المفاوضات، حيث اصدر وفد الحكومة المفاوض بياناً أعرب فيه عن رفضه لمشاركة الوفد الاريتري بدون سابق علم في اللقاءات الثنائية، وذكر البيان ان الحكومة السودانية تعتبر اريتريا جزءاً من مشكلة دارفور لقيامها بدعم الحركات المتمردة، وان موقف الحكومة لا يسمح بمشاركة الوفد الاريتري في المفاوضات، وقام وفد الحكومة بتسليم كبير مفاوضي الاتحاد الافريقي سالم أحمد سالم رد الحكومة في ذلك للبت في الأمر. لكن مستشار الرئيس الاريتري عبدالله جابر قال ان مشاركة وفدهم لم يأت من تلقاء نفسه، وانها جاءت بطلب من الاتحاد الافريقي وحركتي تحرير السودان والعدل والمساواة وبقبول من الرئيس السوداني عمر البشير حسب اعلان قمة طرابلس بشأن أزمة دارفور، ووصف جابر رفض الحكومة السودانية للمشاركة الاريترية في مفاوضات أبوجا بالتراجع عما اتفق عليه في قمة طرابلس الأخيرة، وخيمت التطورات الميدانية في الاقليم على اجواء المفاوضات بسبب الخلافات حول تمثيل المتمردين وجدوى اللقاء وسط المعارك للدائرة بين حركتي التمرد في الاقليم التي أدت إلى انسحاب الوساطة التشادية التي رفضت رئاسة خليل إبراهيم لوفد حركة العدل والمساواة بدلا من محمد صالح حميد الذي وقع اتفاقات وقف اطلاق النار في انجمينا عام 2004م باسم الحركة، وبالمقابل رفضت الحركة المتمردة الوساطة التشادية، وقال رئيسها خليل إبراهيم ان انجمينا اصبحت عائقاً فعلياً يحول دون تسوية النزاع. وفي ذات اطار قضية دارفور أصدر رئيس القضاء السوداني جلال الدين محمد عثمان قراراً بتشكيل المحكمة الجنائية الخاصة باحداث دارفور برئاسة قاضي المحكمة العليا محمود محمد سعيد أبكم وعضوية قاضية محكمة الاستئناف انشراح أحمد مختار، وقاضي محكمة الاستئناف عوض الكريم عثمان محمد قاضي، ووجه القرار المحكمة بمباشرة مهامها وفق أمر تأسيسها فوراً. وكان المدعي العام للمحكمة الجنائية الدولية قال ان السودان ليس امامه خيار سوى التعاون مع التحقيقات التي يجريها في جرائم الحرب في دارفور، لكنه اعترف بأن رفض الخرطوم يصعب من مهمته، وقال لويس مورينو المدعي العام لاول محكمة جنائية دائمة في العالم ان قرار مجلس الأمن يجبر الحكومة السودانية على التعاون، وقال انه سيكون في مقدوري جمع أدلة، وسنرى ما يمكن عمله بالنسبة إلى الوضع هناك مشيراً إلى أن الأوضاع تطورت بسرعة خلال العامين الماضيين. لكن وزير الخارجية السوداني اكد استعداد الحكومة وجاهزيتها في اطار استراتيجيتها وسياستها لتحقيق العدالة في دارفور للتعاون مع كل المؤسسات التي يمكن أن تساهم في تنفيذ هذه الاستراتيجية التي وضعتها الحكومة، وحول ما اعلن عن طلب المدعي العام للمحكمة الجنائية الدولية من حكومة السودان للتعاون معه قال ان الحكومة لم يصلها حتى الآن بشكل رسمي مثل هذا الطلب حتى تستطيع ان تقيمه وترد عليه.