أثار إعلان الحكومة الإسرائيلية توقيع عقد إنشاء قناة البحرين مع الحكومة الأردنية والسلطة الفلسطينية جدلاً في مصر حول الهدف من شق القناة المقررة أن تربط بين خليج العقبة والبحر الميت، وتكلفتها ومدى الجدوى الاقتصادية وإمكانيةتأثيرها سلباً على عائدات قناة السويس التي تُعد أحد الروافد المهمة للاقتصاد المصري. بداية قال رئيس هيئة قناة السويس الفريق أحمد فاضل إن إدارة البحوث والدراسات الاقتصادية بالهيئة تتابع تطورات إنشاء هذه القناة وتولي اهتماماً بأية تغيرات وتطورات في المنطقة والعالم منبهاً إلى أن نتائج الدراسات أثبتت أن القناة الجديدة لا تمثل أي منافسة على الإطلاق لقناة السويس. وأرجع فاضل ذلك للمناخ الآمن والوضع المستقر الذي يحيط بقناة السويس كما أن الغرض من القناة الجديدة إقامة مشروعات سياحية واقتصادية للاستفادة من توليد الطاقة الكهربائية. وعن قدرة قناة السويس على المنافسة قال إن القناة تتبع سياسة مرنة في تحصيل رسوم المرور منذ تسع سنوات وأدى ذلك إلى زيادة إيرادات قناة السويس وتعدت حاجز ال 2 مليار سنوياً مؤخراً إضافة إلى أن قناة السويس تقوم بتطوير الخدمات الملاحية الدولية، والوصول بغاطس القناة إلى 72 قدماً في نهاية 2010 لاستيعابه أسطول النقل الملاحي العالمي. والقناة قادرة على خدمة واستيعاب عبور 92٪ من حجم وحمولة الأسطول العالمي للنقل البحري و99٪ من أسطول سفن البضائع الصب والحاويات والصنادل كما أن القناة تمتلك أحدث وحدة مراقبة ملاحية بالرادارات. يشار إلى أن قناة السويس قد حققت إيرادات خلال التسعة أشهر الأولى من العام المالي الحالي 2004/2005 بلغت مليارين و446 مليون دولار بزيادة بلغت 369 مليون دولار عن نفس الفترة من العام المالي الأسبق 2003/2004 التي حققت خلالها القناة إيرادات بلغت مليارين و77 مليون دولار.واستقبلت القناة خلال الفترة من أول يوليو وحتى نهاية مارس الماضي 12,936سفينة متنوعة بحمولات صافية ناهزت 383 مليون طن بزيادة بلغت 933 في أعداد السفن و47 مليون طن في الحمولات لدى مقارنة تلك الفترة بمثيلتها من العام المالي السابق. واتفق أحد خبراء النقل البحري الملاحي مع رئيس هيئة قناة السويس مقللاً من أهمية المشروع الجديد في منافسة قناة السويس وذلك لأسباب فنية وأخرى اقتصادية.وأوضح أنه من الناحية الفنية القناة المزمع إنشاؤها تواجه صعوبة شديدة تتعلق بالحركة المائية بين خليج العقبة والبحر الميت الذي يُعد أدنى نقطة على سطح الكرة الأرضية وينخفض عن البحر الأحمر بنحو 399 متراً مما يعني أن المياه ستنحدر كشلال قوي في البحر الميت مما يستحيل معه الملاحة، أيضاً القناة الجديدة تتشابه مع قناة بنما في العمل بنظام الأحواض أما الملاحة في قناة السويس فإنها لا تواجه مشاكل فنية أو اعتراضات مرورية. وأضاف أن الملوحة الزائدة في البحر الميت التي تصل لثمانية أمثال الملوحة في خليج العقبة ستؤثر على جسم السفينة وعمرها الافتراضي. ومن الناحية الاقتصادية من المتوقع أن يصل طول القناة لنحو 280 كيلومتراً. بينما تصل المسافة بين ميناء بورسعيد عند المدخل الشمالي لقناة السويس، وميناء السويس عند المدخل الجنوبي إلى نحو 162 كيلومتراً. مشيراً للزيادة الواضحة في زمن الرحلة وبالتالي زيادة استهلاك الوقود وارتفاع اقتصاديات الرحلة الذي يمثل نحو 23٪ من تكاليف الرحلة للسفينة.من جهة أخرى قال الملاح السابق سعيد سيف الدين إن المشروع حتى يحقق جدواه الاقتصادية المفترضة فلابد أن يفرض رسوم عبور للسفن مضاعفة عن رسوم المرور بقناة السويس، أيضاً موقع القناة الجديدة وسط بؤرة الأحداث الملتهبة في الشرق الأوسط مع التذبذب السياسي الذي يشهده العالم يجعل ضخ استثمارات كبيرة في مشاريع ملاحية مستقبلية أو طرق بديلة داخل المنطقة العربية أمراً شبه مستحيل لكونها مشاريع ليس لها عائد. وأكد أنه إذا كان الغرض من القناة الجديدة منافسة قناة السويس - كما أعلن مسؤول إسرائيلي سابق - فهو ما يعني أنها تتبع نظام حرب الأسعار للوصول بتعريفة الأسعار إلى صفر وبالتالي يتعذر معها استرداد التكاليف الاستثمارية والجدوى الاقتصادية لإنشائها وهو أمر مضاد للسياسة الاقتصادية الإسرائيلية كانت الحكومة الأردنية قد أعلنت أن الهدف من شق القناة هو إنقاذ البحر الميت برفع مستوى المياه به نظراً لتناقصها سنوياً بنحو 70 سم نتيجة لحالة البخر وكذلك تقليل نسبة الملوحة التي تصل 8 أضعاف نسبتها بالبحر الأحمر وأيضاً لإقامة مولدات للطاقة الكهربائية أما الحكومة الإسرائيلية فتصريحاتها كانت تؤكد أن الهدف من شق القناة تبريد مفاعل ديمونة النووي بالمياه القادمة من خليج العقبة وخفض ملوحة مياه البحر. لكن تصريحاتها السابقة الاستفزازية التي اعتاد المسؤولون الإسرائيليون بثها لم تخل من أن الهدف هو إحياء المشروع الإسرائيلي القديم الذي يستهدف إقامة قناة تنافس قناة السويس.