دخل المسؤولون في شمال السودان وجنوبه في سجال حول حقوق المواطنة في حال اختار سكان الجزء الجنوبي الانفصال في استفتاء تقرير المصير المقرر ان ينطلق في التاسع من شهر يناير المقبل، ورفضت حكومة الجنوب تصريحات مسؤولين شماليين حذرت سكان الاقليم من خسران الامتيازات المرتبطة بحق المواطنة السودانية إذا قرروا الانفصال. واعتبر نائب رئيس حكومة الاقليم الدكتور رياك مشار تلك التصريحات محفزاً لخلق توترات بين الشمال والجنوب في حال الانفصال. ولوح بأن حكومته تمتلك خيارات عديدة لم يفصح عنها للرد على الخرطوم في حال تنفيذ تلك التحذيرات. وقال مشار إنه يمكن تطبيق اتفاق الحريات الأربع بين الطرفين اذا ما حدث الانفصال. لكن رئيس البرلمان السوداني أحمد إبراهيم الطاهر القيادي في حزب المؤتمر الوطني بزعامة البشير تمسك بأن انفصال الجنوب والشمال سيحرم شعوب البلدين من الامتيازات كافة. ورد عليه نائبه الجنوبي في البرلمان اتيم قرنق بقوله إن ذلك أمر مناف لسلوك رجل الدولة، محذراً من أن أي قسوة يلاقيها الجنوبيون حال الانفصال ستجعل الخرطوم بلداً فاشلة وحاملة لفلسفة الانتقام، ما يثبت مبدأ الكراهية الذي ظللنا نحاربه"، وطالب الطاهر الجنوبيين بالحفاظ على وحدة البلاد ليكونوا ملاكاً لكل السودان. وكان وزير الإعلام السوداني الدكتور كمال عبيد استبق ذلك بتحذيرات لسكان الجنوب من فقدان حقوق المواطنة، والوظيفة والبيع والشراء في أسواق الخرطوم والعلاج وكافة الامتيازات المرتبطة بالمواطنة إذا قرروا الانفصال خلال عملية الاستفتاء.وقال إن سكان جنوب السودان سيخسرون كل امتيازات المواطنة حال قرروا انفصال إقليمهم.