توفيت والدة الموسيقي مجيد مرهون التي كانت سنده القوي في محنة السجن المؤبد، ولم تكف رسائل الاحتجاجات والمطالبة بالإفراج عنه، رغم أنه في عزلة عن العالم ولا يد له في ما يدور خارج السجن. ونقل مرهون من سجن جزيرة جدا العام 1986 إلى سجن جو ولم يفرج عنه حتى عام 1990. برغم أنه جلس لأربع سنوات بلا عمل غير أنه صار مدرساً في المعهد الكلاسيكي بمنطقة الجفير، وعلم عزف آلة الساكسفون والهارمونيكا والجيتار والاوكورديون ثم عين بالمكتبة العامة لوزارة التربية والتعليم بالمنامة، ونشط إثر ذلك في كتابة المقالات، وتقديم المحاضرات، وتأليف الكتب، إضافة إلى تأليف الموسيقى. فقد وضع أول كتبه "الموسيقى الشعبية في الخليج العربي، 1993"، ثم تلاه كتاب مرجعي "الأسس المنهجية لدراسة نظرية الموسيقى" صدر الجزء الأول عام 1994 (وهو مكون من ثلاثة أجزاء)، وآخر كتاب "القاموس الموسيقي الحديث" (مكون من تسعة مجلدات) وقد تبنى طباعة هذا القاموس مركز الشيخ إبراهيم بن محمد آل خليفة للثقافة والبحوث، وأقيم له حفل تدشين في مارس 2009. وقد انضم إلى فرقة أجراس منذ خروجه من السجن، وشارك في مهرجان أجراس الغنائي عام ،1991 فقدم من ألحانه في هذا الحفل أغنية "حبيبتي" من شعر عبدالحميد القائد وغناء فوزي الشاعر. شارك فرقة أجراس الكثير من مهرجاناتها في الخليج العربي في البحرين والكويت والإمارات، واستأنف إنجاز أعماله الغنائية والموسيقية. فقد تنقلت أعماله في مهرجانات اليوم العالمي للموسيقى للأعوام (1993،1994، 1996)، وبين مهرجان القرين بالكويت، وفي أمسية موسيقية ضمن الأيام البحرينية في الكويت عام 2001، وفي ذات العام بدعوة من المجمع الثقافي قدم أمسية موسيقية لمؤلفاته على الساكسفون بمصاحبة المايسترو خليفة زيمان. مهرجان البحرين الدولي للموسيقى 14 عام 2005 قدمت فرقة البحرين للموسيقى بقيادة المايسترو خليفة زيمان أمسية موسيقية خاصة لمؤلفاته الموسيقية: "إلى جارية مغلولة، انطلاقة أفراحي، رقصة سربند، طفلي الحبيب، أخيلة الحبيبة، دعوة حنان، ذكريات الجزيرة". استخدم مرهون في أعماله قوالب الموسيقى الأوروبية التقليدية، مثل: السيمفونية، والكونشيرتو، والرباعية، والفيوج، إضافة إلى مؤلفات موسيقية حرة. ونوع في تآليف الآلات الوترية والنفخية. ومن أعماله: "دعوة إلى الفرح" (سيمفونية)، جزيرة الأحلام (عمل أوركسترالي)، الذكريات (عمل أوركسترالي)، الحنين (نوستالجيا) عمل أوركسترالي، نشيد طريقنا، إلى فلسطين الثائرة صولو الفلوت مع البيانو، خيالات دلمونية صولو فلوت، إلى لبنان الشجاع صولو فلوت - مهداة إلى الفنان وسام البستاني. نال مرهون التكريم والتقدير من الجهات الرسمية والأهلية، والجمعيات السياسية والاجتماعية، وذلك تقديراً لإسهاماته الفنية، وكرّمه المجمع العربي للموسيقى في العام 2002م، ومنح ذات العام من قبل جلالة الملك المفدى وسام البحرين من الدرجة الثانية.
