حذر مجلس الوحدة الاقتصادية العربية من وجود العديد من المشكلات التي تواجه التطبيق الفعلي للبرنامج التنفيذي لمنطقة التجارة الحرة العربية الكبرى في مقدمتها إصرار العديد من الدول العربية على فرض قيود غير جمركية على الكثير من السلع وذلك بالرغم من النص الصريح الموجود في البرنامج بحظر وضع هذه القيود أمام السلع العربية . ونبه المجلس، في دراسة حديثة له حول معوقات التجارة العربية، إلى خطورة المبالغة من جانب معظم الدول العربية في حماية القطاع الزراعي ولجوء بعض تلك الدول إلى فرض الحظر على استيراد بعض المنتجات الزراعية من الدول الأعضاء . ولفت المجلس إلى أنه من بين تلك المعوقات ضعف المقومات المشجعة على التكتل الإقليمي بين الدول العربية مثل وسائل النقل والاتصالات، وضمان الاستثمارات، وعدم تنوع الإنتاج، إلى جانب الواقع الراهن للتجارة العربية البينية وضآلة حجمها، واستمرار بقاء الدول العربية على هامش النظام التجاري الدولي بنسبة متواضعة جدا من حجم التجارة العالمية السلعية، إلى جانب تركز صادراتها في النفط ومشتقاته وبالتالي لا توجد عناصر حاسمة يمكن التعويل عليها بقدرة المنطقة الحرة على زيادة حجم التجارة العربية البينية، كما لاتوجد مؤشرات على المستوى القومي تدعم نجاح هذه المنطقة بسبب ضعف المصالح الاقتصادية المتبادلة بين الدول الأعضاء . ونبه المجلس إلى التدخل الحكومي في إدارة اقتصاديات الدول العربية وفي عمل السوق بشكل زائد، إلى جانب تناقص معدلات النمو الاقتصادي، والاعتماد على استيراد الغذاء من الخارج وعدم وجود قاعدة صناعية، والاعتماد على التجارة مع الدول المتقدمة بشكل أساسي أيضا، وهي جميعها عناصر تقلل من نجاح منطقة التجارة الحرة العربية الكبرى . إلا أن مجلس الوحدة الاقتصادية العربية، أشار في دراسته، إلى أنه بالرغم من ذلك فإن هناك كثيرا من معوقات نجاح البرنامج التنفيذي لإقامة منطقة التجارة الحرة الكبرى قد زالت في السنوات الأخيرة كما أن هناك العديد من الإجراءات التي تتخذها الدول العربية لإزالة باقي هذه المعوقات بما يعني أنها في طريقها إلى الزوال ويأتي في مقدمتها أخذ معظم الدول العربية ببرامج للإصلاح الاقتصادي إلى جانب الالتزام بمبادئ اتفاقيات منظمة التجارة العالمية وهو مايعنى القضاء على السياسات الحمائية التي كانت تطبق في معظم الدول العربية . ونوه المجلس بالنتائج الإيجابية التي تم تحقيقها في مجال تنويع اقتصاديات دول الخليج العربي وبقية الدول العربية وتراجع أهمية النفط والسلع الزراعية الرئيسة في الصادرات لصالح المنتجات الصناعية، إلى جانب ارتفاع نسبة الاكتفاء الذاتي للدول العربية وإن كان مايزال هناك فجوة غذائية عربية إلا أن الاعتماد على العالم الخارجي في استيراد الغذاء بدأ في الانخفاض، فضلا عن الاهتمام الكبير من متخذي القرار في الدول العربية بضرورة نجاح منطقة التجارة الحرة العربية الكبرى وهو مايعني وجود قوة دفع سياسية قوية في التجربة العربية وأيضا الحتمية التي تفرضها الظروف الدولية على الدول العربية بأن يكون لها تجمع اقتصادي لمواجهة التكتلات الاقتصادية العالمية في عصر لايمكن فيه لأي دولة أن تعيش بمعزل عن هذه التكتلات