إنّ التأمل في عمل المستشرقين وتفصيل النصوص المنشورة، إبّان الانكباب على التراث العربي، والذي بلغ أوجه في القرن التاسع عشر، بيّنَ الإقبال على علوم اللغة كالبلاغة والنحو والشعر والمنطق، إلى جانب اللاهوت والفلسفة، حيث أشارت الدّراسات في مقدماتها إلى القواعد المتبعة فيها، وفق قواعد علماء الكلاسيكيات في نشر النصوص. بذلك يمكن اعتبار المستشرقين المتأخرين، تلامذة لعلماء الكلاسيكيات الذين بدورهم أتقنوا لغاتٍ سامية مثل العبرية والعربية والسريانية، فاعتمدوا في دراسة التراث على تتبع أصول الأفكار في النتاج الفكري والفلسفي، وأصول الألفاظ وقواعدها، في اللغة واللسانيات، شمل ذلك دراسات الدين الإسلامي أيضًا. ويمكن تمييز ثلاثة مناهج اتبعها المستشرقون، لخّصها الدكتور محمد عابد الجابري، في بحثه الموسوم ب «الرؤية الاستشراقية في الفلسفة الإسلامية طبيعتها ومكوناتها الأيديولوجية والمنهجية»، وهي: المنهج التاريخي: سيطرت فيه النظرة الشمولية، دون اعتبارٍ إلى المعرفة التي بين يدي الباحث - ولتكن الفلسفة - كونها جزءًا من كيان ثقافي عام، هو الثقافة الإسلامية، بل باعتبارها امتدادًا طبيعيًّا لما قبلها، ولكن بصورة محرّفة، معيبة، استقت أسسها من أم الفلسفات الأوربية، متمثلة في النتاج الإغريقي. المنهج الفيلولوجي: يعتمد على فقه اللغة، وتتبُّع الألفاظ، والبحث في اشتراكها مع نصوص أخرى في ثقافات أقدم، ثم نسبتها إلى أقدم أصولها. يقوم هذا المنهج على التجزيء الذي يسير في خط مستقيم إلى الخلف حيث الأصول الأقدم، خارج سياق النص وظروفه، وفي ذلك لا يقيم المنهج اعتبارًا إلى خصوصية مادة البحث ونصوصه، فلا ينسبها للثقافة التي ولّدتها ونشأت فيها، بل يزيحها نحو الخارج، باعتبار الأصل الواحد، الذي دائمًا ما يشير إلى الأصل الغربي في تكريس للأفضلية والتفوق. المنهج الذاتي: يدّعي انفكاكه عن فكرة تقدّم حضارة على أخرى، ويدعو إلى التعاطف مع الثقافة المدروسة، والاعتراف بسبقها إن ظهر، أو على الأقل إقرار اختصاصها بمميزات تَمُتُّ إليها في ذاتها، وإن استقت أصولها من ثقافات أخرى، لكن هذا المنهج لم يخلُ من الأنانية والنفعية. ففي الدراسات الفلسفية المبنية على المنهج الذاتي، اعترف الغرب بفرادة الفلسفة الإسلامية في التطرّق إلى الجانب الروحي، وظهور فلسفات خاصة بالفكر الصوفي، لكنّه كان يبحث عن تلك الروحانية المفقودة في الفلسفة الغربية، داعيًا إلى التنقيب عن تلك الرؤى في الفكر الغربي، وتمثّلها، أو استدعائها وتبنيها من الفلسفة الإسلامية. في كثير من الأحيان طغت الانطباعية والرؤى السطحية على أحكام المستشرقين، واتّسمَت بافتقاد الرؤية العميقة والموضوعية في إصدار الأحكام، خاصة فيما يتعلق بالمجتمع المسلم، فقد تتبعوا ممارسات المسلمين، فرادى أو جماعات، وأصدروا أحكامهم العمومية على المجتمع وقيمه، وعلى الدين الإسلامي ومبادئه، شاعت تلك الدراسات الانطباعية؛ بسبب الفراغ الذي ظهر في الساحة العلمية، فلطالما عانى الشرق نقصًا في الدراسات المحلية من داخله. أدت الدراسات الاستشراقية أدوارًا مختلفة، منها ما كان في باب الفضول البحت، ومنها ما توجّه بدراساته لخدمة الاستعمار وأهدافه، كما كان لبعض الدارسين أهدافًا تبشيرية، سواءً القساوسة الشرقيين العرب أم الغربيين منهم، أما البعض منهم تقّصد الإساءة للدين الإسلامي على وجه الخصوص، والتشكيك في حقيقة الوحي والنبوة، أو في أقل الأحوال نسبته إلى ديانات سماوية أخرى، كما ادّعى المستشرق اليهودي «جولد تسيهر» اقتباس الإسلام عن الديانة اليهودية. أسفر الاستشراق والدراسات العربية والإسلامية إلى الحاجة إلى عقد المؤتمرات، واستعراض الدراسات والنتائج، والوقوف على خلاصات الجهود في مناطق الشرق الأوسط المختلفة، فعقدت المؤتمرات بصفة دورية، وسافرت النخبة المثقفة العربية آنذاك لحضورها، ما أدّى إلى جيل تتلمذ على يد هؤلاء المستشرقين، منهم رفاعة الطهطاوي تلميذ المستشرق الفرنسي «سلفستر دي ساسي». ثم ظهر وازدهر نشاطٌ في التحقيق والنشر، من قِبل هؤلاء التلاميذ في العالم العربي والإسلامي، فظهرت مطبعة بولاق بمصر الملكية في النصف الثاني من القرن التاسع عشر، ثم مطبعة حيدر أباد في الهند، في ثمانينات القرن نفسه، ثم تطوّر الأمر في العالم العربي، فدخل تحقيق المخطوطات ونشرها مرحلة النشر الأكاديمي، في عشرينات القرن العشرين، حيث بدأ من جامعة الملك فؤاد، ثم توسّع في مجامع اللغة العربية، ومن أهم المشتغلين في التحقيق من العرب آنذاك، أحمد زكي باشا، وأحمد تيمور باشا.