أعلنت قيادات في نظام الرئيس السوداني السابق عمر البشير عن مغادرة سجن كوبر ويقولون إنهم سيؤمنون الحماية لأنفسهم. وقال أحمد هارون المسؤول بنظام البشير إن إدارة سجن كوبر أجلت القيادات المعتقلة تحت حراسة محدودة. وتزايد الجدل مؤخرا مع بدء الاشتباكات بين الجيش السوداني وقوات الدعم السريع حول مصير الرئيس المعزول، عمر البشير بعد مزاعم تحدثت عن نقله بطائرة مروحية من مستشفى علياء في أم درمان في العاصمة السودانية الخرطوم إلى جهة غير معلومة. قال المعز حضرة عضو هيئة الاتهام في قضية انقلاب 1989 التي يحاكم فيها البشير و18 من أعوانه في تصريحات صحفية إن "طائرة مروحية نقلت البشير ونائبه بكري حسن صالح ووزير الدفاع الأسبق عبدالرحيم محمد حسين إلى جهة غير معلومة؛ وذلك بعد ساعات من قيام مجموعة مسلحة باقتحام سجن كوبر وإطلاق سراح أكثر من ألف سجين من داخله، من بينهم قيادات إخوانية". وأوضح حضرة أن "المعلومات عن نقل البشير وصلته عبر مصادر خاصة في مستشفى علياء التي يقبع فيها الرئيس السابق" ونفى الناطق باسم القوات المسلحة السودانية نبيل عبدالله، توافر أي معلومات مفصّلة عن مصير البشير، وحمل، قوات الدعم السريع مسؤولية اقتحام السجون وفرار عدد من المطلوبين أمنياً فيما قال قائد الدعم السريع في تصريحات صحفية سابقة إن الجيش السوداني قام بفتح سجن كوبر، مما أدى إلى هروب المساجين، غير مستبعد أن يكون قد تم تهريب البشير. ومنذ اندلاع الاقتتال في الرابع عشر من أبريل في الخرطوم تكررت ظاهرة اقتحام السجون بشكل مقلق؛ فقبل اقتحام سجن كوبر، اقتحمت قوة عسكرية سجن الهدى في أم درمان وأطلقت سراح 7 آلاف سجين، واخذت معها 28 من ضباط جهاز الأمن الذين كانوا ينتظرون تنفيذ حكم الإعدام في جريمة قتل المعلم أحمد الخير داخل معتقله خلال الحراك الذي أطاح بنظام عمر البشير في أبريل 2019.