أولت المرحلة الثانية من مشروع الأمير محمد بن سلمان لتطوير المساجد التاريخية منطقة الرياض اهتماماً كبيراً في العناية بمساجدها، حيث يعيد المشروع تأهيل وترميم 6 منها، بهدف الحفاظ على السمات المعمارية القديمة لها، وتعزيز الوعي العام للعناية بالمساجد التاريخية. ويعمل المشروع في منطقة الرياض على تحقيق التوازن بين معايير البناء القديمة والحديثة بطريقة تمنح مكونات المساجد درجة مناسبة من الاستدامة، وتدمج تأثيرات التطوير بمجموعة من الخصائص التراثية والتاريخية. ومن عناية المشروع بمساجد منطقة الرياض العمل على تطوير ستة منها، أولها المسجد القبلي جنوب حي منفوحة بالعاصمة الرياض، الذي يعود تاريخ بنائه إلى عام 1100ه، ويُعد أقرب المساجد لقصر الإمارة القديم، إذ كان يصلي فيه الأمراء وكبار رجالات البلدة، وكان قد وسعه الملك عبدالعزيز -رحمه الله- وأعاد بناءه عام 1364ه، وتقدر مساحته قبل الترميم بنحو 642.85م2، فيما ستبلغ بعد التطوير 804.32م2، كما ستصل طاقته الاستيعابية 440 مصلياً بعد انتهاء أعمال تطويره. وفي حي الظهيرة القديم بمدينة الرياض يهدف المشروع لتطوير مسجد الرميلة الذي يطلق عليه أحياناً مسجد آل سلمه، وهو أحد أقدم المساجد التراثية، إذ يمثل تصميمه وطريقة بنائه أنموذجاً للطراز المعماري لمساجد الرياض القديمة، ويسهم تطويره في نقل الإرث التاريخي من القرون السابقة إلى المستقبل عن طريق المزج بين العراقة والجمال. أما مسجد العودة الواقع وسط حي العودة شمال مدينة الدرعية، فإنه يمثل أحد أقدم مساجد المحافظة، وكان بناؤه من الطين، ويقع جوار طريق الشيخ محمد بن عبدالوهاب، وتقدر مساحته قبل الترميم بنحو 794م2، وسترتفع بعد التطوير إلى 1369.82م2، كما سترتفع الطاقة الاستيعابية للمصلين فيه من 510 مصلين إلى 992 مصلياً.