تباينت مشاريع مؤسسة مكةالمكرمة الخيرية في المدينةالمنورة وكان مشروع كفالة أيتام مدينة رسول الله هي الانطلاقة ووصل عدد الأيتام الذين تمت كفالتهم حتى هذا العام لأكثر من 2790 يتيمًا من أيتام المدينة والقرى التابعة لها وعدد الأيتام المسجلين الذين ينتظرون الكفالة 3000 يتيم تقريبًا بدأ الصرف على الأيتام في عام 1425ه وهناك مشروع كفالة أرامل مدينة رسول الله صلى الله عليه وسلم حيث رأت المؤسسة النتائج المشرفة والنجاحات الموفقة من خلال مشروعها الأول كفالة أيتام المدينةالمنورة وحرصًا منها على شمولية العمل الخيري في بلد الخير أرادت أن توسع دائرة الكفالة الخيرية حتى تستفيد منها شريحة مهمة من شرائح المجتمع ولها صلة كبيرة بالأيتام هذه الشريحة هي الأرامل اللاتي فقدن من يعولهن ويقوم على شؤونهن ويلبي حاجاتهن. وتقوم مؤسسة مكةالمكرمة الخيرية بالمدينةالمنورة بتفريج كربات الأيتام في الظروف الطارئة والحالات الخاصة وذلك من خلال صرف مبالغ عاجلة لأسرة اليتيم تشمل الظروف الطارئة التي تطرأ على اليتيم أو على أسرته أو منزله من حريق أو انقطاع كهرباء أو تسديد إيجار منزل أو ترميم منزل متهالك. متابعة اليتيم وقد أنشأت المؤسسة وحدة العلاج لمتابعة الأيتام والأرامل الذين يحتاجون رعاية صحية وقد تجاوبت أغلب المراكز الصحية بالمدينةالمنورة مع المؤسسة وفتح الباب للعلاج مجانًا وهناك بعض المراكز الصحية تبرعت بنسبة معينة من تكاليف العلاج ومن الحالات التي عولجت عن طريق وحدة العلاج عملية ناجحة لقلب مفتوح لطفلة يتيمة ومعالجة يتيم من إدمان المخدرات .وتم تشيد وقف للأيتام بمنطقة حيوية في المدينةالمنورة مشاريع وهو ضمن الخطة ليسد احتياج أكثر من 200 يتيم من أيتام المدينة وذلك لإيجاد دخل دائم للأيتام الذين ترعاهم المؤسسة. مشروعان مهمان وهناك مشاريع مستقبلية هي مشروعان مهمان تسعى المؤسسة جاهدة لكي يرى النور قريبًا هما وقف الأيتام والأرامل بالمنطقة المركزية ونادي التفوق وهو مشروع واعد تطمح المؤسسة بأن يكون لها في تلك المنطقة نصيب وبعد تشييده وإنشائه سوف يسد حاجة أكثر من (1000) يتيم وأرملة.