يقول د. محمد الشحات الجندي الأمين العام للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية أن أخطر ظاهرة تهدد حاضر أمة الإسلام ومستقبلها في الوقت الحالي هي ظاهرة الانقسام الطائفي والعرقي التي بدأت تطفو على السطح الخارجي وتطل بوجهها المرعب في الكثير من البلاد العربية والإسلامية خلال السنوات الأخيرة خاصة بعد التدخل الأجنبي والصهيو أمريكي في كثير من بقاع العالم العربي والإسلامي ،فالسياسة أصبحت تلعب دورا أساسيا في إشعال لهيب الفتن الطائفية مثلما تلعب دورا في إطفائها، بل كثيرا ما تكون الفتن الطائفية والحروب الأهلية ناتجة عن ألاعيب السياسة وحسابات السياسيين أكثر مما هي نتاج الجماعات والطوائف،والجماعات الطائفية لا تتورع عن ممارسة العنف والقتل الطائفي بحجة الدفاع عن المذهب أو الطائفة ،وإن هذه الجماعات بحكم ما يطبعها من ضيق الأفق الفكري والديني، فضلا عن منزعها الاستبعادي والعنفي، فإنها تدفع الأمور دفعا نحو تعميق التمزقات الدينية والاجتماعية وزعزعة أسس الاستقرار العام، ومن ثم تجعل من المعطى الديني عامل تفجير للحمة الداخلية وتمزيق عرى السلم الأهلي بدل أن يكون عامل توحيد ورأب للتصدعات. ويضيف د. الجندي أنه يجب الاعتراف بأن التعصب الطائفي والعرقي بات مثل المرض العضال الذي ينهك الأبدان، ولعل أولى الشروط اللازمة لعلاج هذا الخلل يقوم على تقديم التشخيص الدقيق والصحيح الذي يعترف بأن التعصب الطائفي والإثني مفسد للسلم الأهلي،مهما كانت مبررات الطائفية ومهما كانت قوة سلطانها وثقل أثرها، فإنه لا يجب الاستسلام لهذا المرض الطائفي الذي يتهدد الجسم الإسلامي في الصميم، كما أنه لا يمكن الرد على هذه الطائفية المريضة بطائفية مضادة، بل إن البديل عن ذلك يقوم على ترسيخ روح التعايش وبث معاني الهوية الجامعة، والتشديد على أولوية الأمة والدين والأوطان على الطوائف والمذاهب و الجماعة الإثنية،ويجب إعادة الطوائف إلى حجمها ووضعها الطبيعي باعتبارها خيارات فقهية ومدارس كلامية وليست كتلا دينية أو هويات اجتماعية سياسية مغلقة،فالمشكلة لا تكمن في الانتماء لهذا المذهب أو ذاك، بل في تحويل المذاهب إلى طوائف مغلقة على نفسها تتربص الدوائر ببعضها بعضا. ويوضح أن هنالك خلافات فقهية وأصولية وتاريخية ين السنة والشيعة لم تحسم بالأمس البعيد والقريب مثلما هي لن تحسم اليوم أو غدا، ولكن هذه القضايا يجب أن تظل موضع تحاور بين علماء المسلمين ومفكريهم، بدلاً من أن تكون مجالا للمساجلات العقيمة والتنازع بالألقاب، خاصة وأن الكثير من القضايا التي يثار حولها الضجيج هي من مخلفات التاريخ وصراعات الماضي أكثر مما هي تعبير من مشكلات الحاضر،وبالتأكيد لايستطيع أحد أن ينكر أن هناك مظالم قد ترتكب بحق هذه الجماعة أو تلك أو بحق هذه الطائفة أو تلك ولكن مدخل العلاج لا يقوم على تأجيج الصراعات ومزيد إنهاك الجسم الإسلامي المنهك أصلا بلعبة التقسيم والاحتلال، بل الالتزام بميزان العدل والإنصاف، وترسيخ عرى الوحدة بين مختلف "طوائف" المسلمين وقومياتهم،ومهما كان موقفنا من المذاهب والعرقيات فسيظل هناك سنة وشيعة ومتصوفة، ومسلمون ومسيحيون وعرب وفرس وترك وبربر وكرد وغيرهم في العالم العربي والإسلامي، هذه هي تركيبة المنطقة وهذا هو ميراث التاريخ، ولن تقدر أي فئة أو مجموعة مهما كان اندفاعها وحجم تعصبها على إلغائها أو نقضها، كما أن بعض "الاختراقات" الشيعية في الجسم السني أو بعض الاختراقات السنية في الجسم الشيعي لن تغير واقع التوازنات التي استقر عليها المسلمون لقرون متتالية بين أغلبية سنية وأقلية شيعية،وإن الاستسلام لنزعات الجهالة والتعصب الطائفي التي تجتاح بعض البلاد العربية والإسلامية معناه نسف ما تبقى من مقومات مشروع النهوض الإسلامي من الجذور، وإخراج العرب والمسلمين من دائرة التاريخ أصلا بعدما تم محاصرتهم في الجغرافيا.