بدأت قطر علاقاتها مع إسرائيل بعد مؤتمر مدريد مباشرة، وكان أول لقاء قطري إسرائيلي مع رئيس الحكومة الإسرائيلية -وقتها- شمعون بيريز بعد زيارته لقطر عام 1996. ولم يعد خافيًا الزيارات المتبادلة بين المسؤولين القطريين والإسرائيليين على مدى العشرين عامًا الماضية. وتبدو المفارقة في العلاقات بين الدوحة وتل أبيب في دعم الدوحة لحماس (العدو اللدود لإسرائيل)، وبما يثير العديد من التساؤلات حول حقيقة تلك العلاقات المثيرة للجدل. هنا أهم المحطات والمظاهر البارزة في مسيرة تلك العلاقات المشبوهة: تبادل شاليط عمدت الدوحة وهي تبرر تقاربها مع تل أبيب إلى أنه من أجل تقريب وجهات النظر بين إسرائيل والفلسطينيين، وهكذا بررت لقاء رئيس الحكومة الإسرائيلية بنيامين نتنياهو مع رئيس الوزراء القطري السابق حمد بن جاسم في باريس بأن اللقاء تم للحديث عن موضوع السلام الفلسطيني وصفقة التبادل مع جلعاد شاليط. البداية من الأب اعترف الدبلوماسي الإسرائيلي «سامى ريفيل» أول سفير إسرائيلي في الدوحة، في كتابه «قطر وإسرائيل - ملف العلاقات السرية»، بعلاقات قطر المشبوهة مع دولته، بل وتأكيده على أن صعود الشيخ حمد بن خليفة آل ثان، أمير قطر، إلى سدة الحكم كان حجر الأساس في العلاقات الإسرائيلية القطرية ونموها لحماية الحكم الحالي في قطر من أي خطر قد يهدده مستقبلاً. لصالح الموساد وهناك تأكيدات على وجود تبادل أمني معلوماتي بين تل أبيب والدوحة. ويؤكد خالد الزعفراني، الخبير في شؤون الحركات الإسلاميَّة أن قطر جزء من منظومة استخباريَّة لصالح الموساد، وتتعاون مع «إسرائيل» ضد المقاومة الفلسطينيَّة؛ حيث تمد الاحتلال بمواقع وإحداثيات وأماكن وجود عناصر المقاومة ممَّا يسهل استهدافهم. - أثار الفيلم الدعائي الذي أعدته قطر في نهاية 2010 ضمن حملتها الواسعة لاستضافة مونديال 2022 استنكارًا عارمًا لاحتوائه على حديث بالعبريَّة عن تمنيات بوصول إسرائيل ودول عربية إلى النهائيَّات ولعب الفريق الإسرائيلي مقابل فريق عربي، وقيام مشجعين من الطرفين بالوجود معًا، وتشجيع فريقيهما «ليتعارفوا إلى بعضهم البعض». تحريض حماس كانت الدوحة تتذرع بأن علاقاتها بإسرائيل ساهمت في حل قضايا وإشكالات كثيرة بين الفلسطينيين وإسرائيل، لكن هذه العلاقات كانت تتضارب مع احتضان قطر لحركة حماس، بل إنها لعبت دورًا هامًّا في انقلاب حماس على شرعية السلطة الفلسطينية بحركة انقلابية في قطاع غزة. فقد زار وزير خارجيَّة قطر -آنذاك- حمد بن جاسم بن جبر آل ثاني، غزة قبل الانقلاب بأسبوعين. ويشتبه بأنَّه حرض حماس على ما فعلته. بيع الغاز كما تمَّ التوقيع -آنذاك- على اتفاقية لبيع الغاز القطري إلى إسرائيل، وإنشاء بورصة الغاز القطريَّة في تل أبيب. - وفي الفترة التي سبقت اجتماع منظمة المؤتمر الإسلامي في الدوحة في نوفمبر 2000، تسببت مشاركة قطر المستمرة مع الإسرائيليين في خلافات سياسية كبيرة مع السعودية ودول أخرى. وأخيرًا، واستنادًا إلى الضغوط الإقليمية المختلفة أعلنت قطر إغلاق المكتب الإسرائيلي في الدوحة في 9 نوفمبر 2000، ولكن عقد المزيد من الاجتماعات السرية بين الدولتين واستمر التعاون غير الرسمي بينهما.