يتضمن مشروع الدستور المصري الذي أقرته الجمعية التأسيسية التي يهيمن عليها الإسلاميون عدداً كبيراً من المواد المثيرة للجدل، أبرزها تكريس الوضع المميز للجيش وفرض قيود طالب بها السلفيون على الحريات والحقوق وتوسيع صلاحيات المؤسسات التي يهيمنون عليها، إضافة إلى توسيع مفهوم مرجعية مبادئ الشريعة. ولعل من أبرز الأمور الخلافية في مصر حفاظ الدستور الجديد على امتيازات المؤسسة العسكرية، إذ نص على تشكيل مجلس للأمن القومي يسيطر عليه العسكريون يناقش الأمور العسكرية وموازنة الجيش على أن تعرض رقماً واحداً، كما استثنى المشاريع الاقتصادية للجيش من رقابة الأجهزة الرقابية، كما سمح بمحاكمة المدنيين أمام القضاء العسكري. واعتمد الدستور الجديد النظام الانتخابي الذي ستجرى عليه انتخابات مجلس الشعب المقبلة بنظام «المختلط» بأن تجري المنافسة على ثلثي المقاعد بنظام القائمة والثلث للفردي، مثلما كان الحال في انتخابات البرلمان الأخيرة، وإن كان سمح للمستقلين والحزبيين بالمنافسة على جميع المقاعد. في المقابل، يعزز مشروع الدستور صلاحيات وسلطات المؤسسات التي يهيمن عليها الإسلاميون، لا سيما الرئاسة ومجلس الشورى (الغرفة الثانية في البرلمان) الذي منح صلاحيات غير مسبوقة في مجال التشريع. لكنه طرح إجراء انتخابات جديدة للمجلس بعد ستة شهور من إقرار الدستور. وتوسع المشروع في صلاحيات الرئيس الذي يختار رئيس الوزراء من دون ربط ذلك بالغالبية النيابية، وإذا رفض البرلمان برنامج الحكومة، يكلف الرئيس رئيساً آخر لمجلس الوزراء من الحزب الحائز على أكثرية مقاعد مجلس النواب فإذا لم تحصل حكومته على الثقة، يختار مجلس النواب رئيساً لمجلس الوزراء ويكلفه رئيس الجمهورية بتشكيل الحكومة، على أن يحصل على الثقة خلال مدة مماثلة، وإلا يحل رئيس الجمهورية البرلمان. وتثير تلك المادة مخاوف من فراغ في السلطة، خصوصاً في حال لم يتمكن حزب الرئيس والمتحالفون معه من تشكيل الغالبية. ولم يحدد المشروع آليات لمحاسبة الرئيس سوى اتهامه ب «الخيانة العظمى» والتي يجب أن يعتمدها ثلثا نواب البرلمان مثلما كان يحدث في دستور عام 1971. ويسمح مشروع الدستور الجديد بالترشح للرئاسة لمن لدى أي من والديه جنسية أجنبية خلافاً للإعلان الدستوري، ما يلبي مطالب مناصري القطب السلفي حازم صلاح أبو إسماعيل الذي أبعد من انتخابات الرئاسة الماضية بسبب جنسية والدته الأميركية. ويجيز المشروع تمرير قرارات مصيرية عبر الاستفتاء، ومن دون إقرار من البرلمان، وهو الأمر الذي أثار انزعاجاً لدى قطاعات واسعة، إذ نص على «حق الرئيس بدعوة الناخبين إلى الاستفتاء في المسائل المهمة التي تتصل بمصالح الدولة العليا، ونتيجة الاستفتاء ملزمة لجميع سلطات الدولة وللكافة في جميع الأحوال». وفي حين أبقى المشروع على المادة الثانية التي تؤكد مرجعية «مبادئ الشريعة الإسلامية» بلا تعديل، مرر مادة طالب بها السلفيون لتفسير هذه المبادئ تتبنى تعريفاً يشمل عبارات فضفاضة مثل «المصادر المعتبرة»، ما يفتح الباب أمام فرض تفسير متشدد للشريعة. وأسقط المشروع مادة المساواة بين الرجل والمرأة. ولم يفتح الباب أمام حرية إنشاء النقابات المهنية والعمالية، إذ لم ينص على إنشاء النقابات بمجرد الإخطار مثلما كان يطالب المدافعون عن حقوق العمال وإن حظر حل النقابات أو مجالس إداراتها إلا بحكم قضائي. وعلى رغم أن المشروع يكفل حرية ممارسة الشعائر الدينية، غير أنه حظر إقامة دور العبادة لغير المسلمين والمسيحيين واليهود. ونص على «العزل السياسي» لقادة الحزب الوطني المنحل لمدة عشر سنوات، وهي المادة التي قضى بعدم دستوريتها قبل الانتخابات الرئاسية. وحدد الذين تنطبق عليهم ب «أعضاء الأمانة العامة للحزب أو لجنة السياسات أو المكتب السياسي أو من كان عضواً في مجلسي الشعب أو الشورى في الفصلين التشريعيين السابقين على الثورة».