في إطار الصراع بين زعيم «المجلس الأعلى» عمار الحكيم وزعيم منظمة «بدر» هادي العامري أعلن ضباط عراقيون تابعون للمنظمة في بيان باسم «الهيئة العليا لادارة ضباط بدر - الدورات الخاصة» انحيازهم إلى الحكيم . لكن المنظمة نفت ذلك واعتبرت البيان محاولة لبذر الخلاف بين الطرفين. ونشر موقع «الفرات» التابع للحكيم بياناً باسم «الهيئة العليا لادارة ضباط بدر - الدورات الخاصة» جاء فيه ان «البدريين سيبقون الذراع الايمن للسيد عمار الحكيم والأوفياء المخلصين لنهج شهيد المحراب أو نهلك دونه». واضاف: «نحن كوادر وأنصار منظمة بدر الجهادية المتمثلة بالهيئة العليا لادارة ضباط بدر الدورات الخاصة نعاهد سماحة السيد عمار الحكيم على البقاء مخلصين لنهج شهيد المحراب ولقيادته السياسية المتمثلة بسماحتكم باعتباركم الامتداد الحقيقي للمرجعية الدينية العليا». وتابع ان «دعوات الانفصال التي تصدر من هنا وهناك أمر مرفوض يرفضه جميع البدريين الذين بذلوا دماءهم من اجل نصرة وعزة الشعب العراقي المظلوم وكان ربان سفينتهم شهيد العراق محمد باقر الحكيم». وكانت مجموعة من اعضاء «بدر» انتقدوا الحكيم بشدة في تصريحات سابقة الى»الحياة» بسبب النتائج المتواضعة التي حصل عليها مرشحوهم في الانتخابات البرلمانية التي أُجريت مطلع 2010. وحمّلوه المسؤولية بسبب سوء ادارته. ولفت الضباط في بيانهم الى ان «وصية عزيز العراق (زعيم المجلس السابق عبد العزيز الحكيم) اشارت بشكل واضح وصريح الى اهلية السيد عمار الحكيم لقيادة تيار شهيد المحراب وقد اثبتت الوقائع انة قادر على تحمل هذه المسؤولية الكبيرة. وان البدريين ملتزمون هذه الوصية ويرون ان اي دعوة تطالب بالانفصال تعني تمزيق وحدة تيار شهيد المحراب». إلى ذلك، نفى القيادي في «بدر» كريم النوري في تصريح الى «الحياة» وجود هيئة بهذا الاسم تابعة للمنظمة، وقال: «لا توجد منظمة بهذا الاسم داخل «بدر» ولا يمت هذا البيان الى أي من البدريين بأي صلة كوننا كنا وما زلنا ملتزمين خط ونهج شهيد المحراب آية الله محمد باقر الحكيم». وتابع: «لم نكن حزباً او كياناً واحداً حتى نكون اثنين. ويبقى المجلس الاعلى الجهة الاقرب الينا من باقي الاحزاب والقوى السياسية». وكانت «منظمة بدر» شكلت عام 1980 مع نشوب الحرب العراقية –الايرانية (1980 - 1988) كجناح عسكري للمعارضة بقيادة رجل الدين محمود الهاشمي الشهرودي وتوالى على قيادتها ابراهيم الجعفري (رئيس وزراء العراق السابق) ثم محمد باقر الحكيم الذي اغتيل في شتاء 2003 في النجف. وبعد العام 2003 انضم المئات من اعضاء «بدر» الى قوات الجيش والشرطة في نطاق قانون دمج المليشيات الذي اصدره الحاكم المدني الاميركي آنذاك بول بريمر. ووصف النوري البيان بأنه «محاولة اثارة لتعكير صفو العلاقة الطيبة بين بدر والمجلس». واستدرك: «تضمن البيان ان هذه المجموعة التي ادعت انتسابها الى الجيش والشرطة وتدين بالولاء لشخص وحزب بعينه في حين ان المؤسسة العسكرية والامنية مخلصة في الدفاع عن الوطن والشعب ولا توالي فئة دون اخرى». وزاد: «نحن في بدر لا نسمح ان يكون ولاء ضباط الدورات الخاصة لغير الوطن والقوات المسلحة».