وضع مجلس الوزراء ضوابط مشددة لضمان سلامة أنظمة الرقابة الداخلية في الهيئة العامة للأوقاف التي وافق على إنشائها أخيراً، منها إنشاء لجنة للرقابة والمراجعة، وأخرى لتقديم الاستشارات الشرعية والاقتصادية والمالية. وبحسب قرار المجلس في هذا الخصوص حصلت"الحياة"على نسخة منه فإن لجنة دائمة للرقابة والمراجعة ستنشأ لحماية أموال الهيئة وممتلكاتها، وضمان سلامة أنظمة الرقابة الداخلية وفاعليتها ودقة البيانات المالية والسجلات المحاسبية واكتمالها، وضمان فاعلية كفاية العمليات المالية والإدارية على أن يكون من بين أعضائها ممثل من وزارة الداخلية. كما تضمنت الواجبات التي أنيطت بمجلس إدارة الهيئة العامة للأوقاف إعداد مشروع نظام للأوقاف يعالج الجوانب الموضوعية لنشاط الأوقاف، ويحدد اختصاصات كل من وزارة الشؤون الإسلامية والهيئة العامة للأوقاف فيما يتعلق بالمساجد بعد أخذ مرئيات الأمانة العامة للجنة الوزارية للتنظيم الإداري في شأن ذلك، ورفع مشروع النظام إلى المقام السامي لاستكمال الإجراءات النظامية اللازمة لذلك. وشمل القرار إنشاء لجنة استشارية دائمة من غير أعضاء مجلس إدارة الهيئة، تعنى بتقديم الاستشارات الشرعية والنظامية والمالية والاقتصادية والاستثمارية. وحدد مجلس الوزراء 12 مهمة للهيئة العامة للأوقاف هي اقتراح الخطط والسياسات العامة والأنظمة المتعلقة بنشاط الأوقاف وتنفيذها بعد إقرارها ومراجعتها وتقويمها والعمل على تطويرها وتحديثها، إضافة إلى الموافقة على إنشاء الأوقاف العامة والمشتركة وإصدار الأذونات اللازمة لها، وإنشائها، وإدارة الأوقاف التي تكون الهيئة ناظرة عليها واستثمارها على أسس اقتصادية وبأساليب تجارية بقصد حفظها وتنميتها، سواء بشكل مباشر أو من خلال التعاقد مع آخرين أو بإنشاء كيانات تنظيمية تتولى ذلك مثل الصناديق أو المؤسسات الوقفية أو الشركات، أو بالمشاركة في إنشاء تلك الكيانات. وتشمل المهمات أيضاً التصرف في الأوقاف التي تكون الهيئة ناظرة عليها في الحالات التي يجوز فيها ذلك، بقصد تنميتها وبما يحقق شرط الواقف سواء ببيعها وشراء بديل عنها أو بالدخول بها لتصبح حصة في شركة أو غير ذلك من المعاوضات، إضافة إلى حصر الأموال الموقوفة وتسجيلها باستخدام أفضل الأساليب والنظم التقنية المتاحة، وإنشاء قاعدة بيانات للاوقاف، ولها في سبيل ذلك أن تضع قواعد لتصنيف الأوقاف الخاصة من أجل تحديد ما يحصر ويسجل منها وما يستثنى من ذلك. وتعمل الهيئة العامة للأوقاف على المحافظة على أعيان الأوقاف التي تكون الهيئة ناظرة عليها وصيانتها ومنع أي تعد عليها، والعمل على تفعيل الاستفادة من الأوقاف الموقوفة خارج المملكة على جهات عامة داخل المملكة، بالتنسيق مع وزارة الخارجية، وإنفاق إيراداتها على مصارفها. وأسندت إلى"الهيئة"أيضاً مهمات تحصيل إيرادات الأوقاف التي تكون الهيئة ناظرة عليها وإنفاقها على الأغراض الموقوفة من أجلها، بما يحقق شرط الواقف، على أن يكون ذلك بالتنسيق مع الجهات المتخصصة، إضافة إلى تشجيع الوقف على الجهات والنشاطات الخيرية والاجتماعية والثقافية المتعددة وتسهيل إجراءاته، وتقديم المعلومات والمشورة والمساندة الممكنة للواقفين والنظار ولكل من يرغب في الوقف. وتضمنت المهمات أيضاً تطوير الصيغ الوقفية القائمة والسعي إلى إيجاد صيغ وقفية جديدة والتنسيق في ذلك مع الجهات ذات العلاقة، إضافة إلى التنسيق مع الجهات الحكومية وغير الحكومية في إقامة المشاريع الوقفية التي تحفز على الوقف والإسهام في نشاط الأوقاف، وتحقق شروط الواقفين ومقاصد الوقف، وتسهم في تنمية المجتمع، ونشر الوعي في المجتمع بأهمية الأوقاف ودورها الاجتماعي والاقتصادي وعقد الندوات والمؤتمرات وإجراء الدراسات والبحوث في مجال الأوقاف. ومن الناحية الفنية قرر مجلس الوزراء إنشاء لجنة فنية في أمانة اللجنة الوزارية للتنظيم الإداري من كل من وزارات الشؤون الإسلامية والعدل والخدمة المدنية والمالية والهيئة العامة للأوقاف وأمانة اللجنة الوزارية للتنظيم الإداري تتولى وضع خطة تنفيذية ينقل بموجبها الموظفون والوظائف والوثائق والمخصصات المالية الخاصة بالأوقاف، والممتلكات مثل التجهيزات والآلات والمعدات والسيارات والمباني والعقارات والوثائق والمخصصات المالية والخطط والمشاريع والدراسات للمشاريع القائمة والمستقبلية المتعلقة بالأوقاف من وزارة الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد إلى الهيئة العامة للأوقاف، واقتراح ما تراه مناسباً في شأنها، والرفع عن ذلك وفقاً للإجراءات المتبعة في أمانة اللجنة الوزارية للتنظيم الإداري لإقرارها من اللجنة الوزارية للتنظيم الإداري تمهيداً لاعتمادها من المقام السامي. وفي ما يتعلق بهيكلها التنظيمي قرر مجلس الوزراء أن يكون للهيئة العامة للأوقاف مجلس إدارة برئاسة وزير الشؤون الإسلامية والأوقاف والدعوة والإرشاد على أن يتولى محافظ الهيئة مسؤولية نائب الرئيس، وعضوية كل من وكيل وزارة العدل للشؤون القضائية ووكيل وزارة الشؤون الإسلامية لشؤون المساجد وممثل عن الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي، وممثل من وزارة المالية، وممثل من الهيئة العامة للسياحة والآثار، وأحد رجال الدين الذين لهم أوقاف، واثنين من المتخصصين البارزين في مجال الاقتصاد والاستثمار، واحد المتخصصين الشرعيين في المعاملات المالية والاقتصادية، وممثل من المؤسسات الوقفية الخاصة، وممثل من الجمعيات والمؤسسات الخيرية التي لها نشاط في مجال الأوقاف. واشترط مجلس الوزراء أن يتضمن مشروع تنظيم الهيئة العامة للأوقاف نصاً بإفراد أوقاف الحرمين بحساب خاص. وتتولى الهيئة العامة للأوقاف الإشراف على المساجد الموقوفة التي عين الواقفون نظاراً عليها في ما يتعلق بالنظارة، أما الإشراف الإداري على نشاط هذه المساجد فيكون لوزارة الشؤون الإسلامية.