دافع الرئيس الأميركي باراك اوباما باسم حرية المعتقد التي يضمنها الدستور الأميركي عن حق المسلمين في بناء مسجد قرب موقع اعتداءات 11 ايلول سبتمبر 2001 في نيويورك، ما شكل اول تدخل له في القضية التي تثير جدلاً حاداً في الداخل، على رغم موافقة المجلس البلدي في نيويورك في ايار مايو على بناء المسجد. وقال خلال افطار رمضاني في البيت الأبيض:"بصفتي مواطناً ورئيساً، اعتقد بأن المسلمين يملكون حق ممارسة شعائرهم الدينية على غرار اي شخص آخر في هذا البلد، وبناء مكان للعبادة ومركز للجماعة على ارض يملكونها خصوصاً جنوب مانهاتن". وأضاف:"التزامنا حرية المعتقد يجب ان يكون ثابتاً، وكذلك الترحيب بجميع الأشخاص من كل المعتقدات وعدم التمييز في معاملتهم أمر ضروري"، علماً انه اعترف بحساسية الموضوع،"اذ شكلت اعتداءات 11 ايلول صدمة عميقة لبلدنا". وشدد على ضرورة ان"نتذكر دائماً ضد من نحارب ولماذا نحارب. اعداؤنا لا يحترمون الحرية الدينية. قضية تنظيم القاعدة ليست الإسلام بل تشويه الديانة. مقاتلوها ليسوا قادة دينيين بل ارهابيون يقتلون رجالاً ونساءً وأطفالاً ابرياء. القاعدة قتلت من المسلمين عدداً اكبر من اتباع اي ديانة اخرى". ويرى معارضون ان موقع المشروع قرب"غراوند زيرو"يدل على ان"المسلمين يبنون مساجد في مواقع غزواتهم، ويهين ذكرى ضحايا الاعتداءات"، فيما يؤكد انصار المشروع ان"بيت قرطبة"سيساعد في تجاوز الأفكار النمطية المسبقة التي ما زال المسلمون في المدينة يعانون منها منذ 11 ايلول،"خصوصاً انه سيكون مفتوحاً امام الزائرين للدلالة على انتماء المسلمين الى مجتمعهم". في غضون ذلك، ابدت جمعيات مسلمة في الولاياتالمتحدة تخوفها من تنامي العداء للإسلام مع اقتراب ذكرى 11 ايلول التي تتزامن هذه السنة مع عيد الفطر السعيد. وطالبت هذه الجمعيات الشرطة الأميركية بتشديد تدابيرها الأمنية لتفادي اي اعمال عدائية ضد المسلمين ترتبط بهذه المناسبة او بمخطط بناء مسجد في نيويورك وإعلان كنيسة في فلوريداجنوب شرق نيتها تنظيم"يوم لإحراق القرآن الكريم"في 11 ايلول المقبل.