أثار بيان اصدره "مجمع البحوث الإسلامية"، أعلى هيئة في الأزهر طرح تعريفًا لمفهوم الجهاد والقتال وحدودهما، جدلاً في القاهرة. واقترب التعريف من الحكم العام المتحرر من الظروف المحددة وليس الفتوى المعينة التي تتعلق بشروط زمانية ومكانية محددة. والجهاد كما عرّفه المجمع هو "الدفاع عن الوطن ضد احتلال الأرض ونهب الثروات"، وهو تعريف عام لا يوضح بدقة طبيعة الأوضاع الحالية في كثير من مناطق العالمين العربي والإسلامي، وهل ذلك التعريف ينطبق عليها ويوجب على عموم الدول المسلمة والمسلمين اعلان الجهاد كما يدعو اسامة بن لادن أم لا. أما الملاحظة الثانية التي قد يأخذها بعض الفقهاء وكذلك الجماعات الإسلامية الراديكالية على التعريف، فهي اقتصاره على المفهوم الدفاعي له، وحتى ذلك أيضاً يقتصر على الدفاع عن الوطن، في حين أن التعريف الأكثر شيوعًا في أوساط الاصوليين الراديكاليين يجعل الجهاد "فريضة للدفاع أولاً عن العقيدة ثم "دار الإسلام"، التي ليست هي "الوطن" في رؤية الجماعات الدينية الإسلامية". وأوضح القطب البارز في جماعة "الإخوان المسلمين" الدكتور عصام العريان أن التعريف الذي طرحه الأزهر يتفق مع وجهة نظر "الإخوان" في شأن الجهاد. لكنه اعتبر أن موقف الأزهر "جاء متأخراً جداً"، وقال: "الأحداث مستمرة منذ نحو شهرين وما طرحه الأزهر أخيراً مستنبط من فقه كتب الاصوليين لكن المهم هو مدى الفاعلية والتأثير وأن يكون للأزهر دور حقيقي في قضايا الأمة الإسلامية". ورأى ان الارتباط بين الأزهر والحكومة "تسبب في إضعاف دوره نظراً الى سيادة الاقتناع بأنه يعبر عن وجهة النظر الرسمية في مصر". واضاف "نطالب باستقلال كامل للأزهر عن كل ما هو رسمي وعندها سيكون ما يطرحه مؤثراً". محامي "الجماعات الإسلامية" السيد منتصر الزيات رأى أن توقيت بيان الأزهر "يحرم البيان من أن ينال صدقية لدى من يعتنقون مبادئ أخرى في شأن الجهاد". وقال إن "الجدل حول مفهوم الجهاد يدور منذ عقود طويلة والناس تشعر في السنوات الأخيرة بأن الأزهر لا يدلي بدلوه في قضية ما إلا إذا طلب منه ذلك، أما قضايا الأمة الحقيقية فيتداولها الجميع فترات طويلة في ظل غياب رأي الأزهر". ولاحظ أن شيخ الأزهر الدكتور محمد سيد طنطاوي عقد مؤتمرين صحافيين خلال اسبوع، بعد الهجمات على نيويورك وواشنطن "على رغم أن دوره الأساسي لا علاقة له بالرد على ما يطرحه الإعلام الغربي". وزاد أن التعريف الذي طرحه الأزهر في شأن الجهاد "كان ضيقاً جداً على رغم أن القضية واسعة ومعقدة صدرت في شأنها بحوث ودراسات وكتب لفقهاء وعلماء على مدى سنوات طويلة". واستدرك: "لا يمكن الرد على معتقدات الإسلاميين الراديكاليين ببيان تضمن بضعة سطور والأفضل أن يفتح مجمع البحوث الإسلامية نقاشاً واسعاً حول القضية وأن يدخل في سجال مع أصحاب الآراء المتشددة. فالجدل في مثل تلك الامور اكثر فائدة من بيان قد يفسر بوصفه مجرد تسجيل موقف من دون رغبة حقيقية في المشاركة فيه". ولاحظ مدير تحرير تقرير الحالة الدينية في مركز الدراسات السياسية والاستراتيجية في "الأهرام" ضياء رشوان أن التعريف الذي طرحه الأزهر للجهاد "يقترب أكثر من مفهوم المقاومة الوطنية المشروعة في حال الاعتداء أو الاحتلال"، لافتاً إلى أن الأزهر حدد وقتاً معيناً للجهاد هو "الظروف الاستثنائية". وقال ل"الحياة" ان "الأزهر حرص على عدم الخوض في صورة مباشرة في الظروف الحالية التي يمر بها العالمان العربي والإسلامي كي يتجنب توصيف دعاوى الجهاد المفروضة فيه حالياً من الجهات الأصولية الراديكالية، وهل هي دعاوى حقيقية أم لا". واستبعد احتمال أن يؤدي ما طرحه الأزهر إلى أي تأثير سلبي على دعاوى الاصوليين الراديكاليين. وأضاف: "ربما يحدث العكس وعلى رغم أن البيان تضمن هجوماً عنيفاً على الاعتداءات الإسرائيلية على الشعب الفلسطيني، والاميركية على الشعب الأفغاني الفقير الأعزل، فإن ذلك لا يتناقض مطلقاً مع المبررات التي يقدمها من يعلنون الجهاد اليوم لدعوة عموم المسلمين اليه".