ذهب عدد من المؤرخين إلى القول إن نشأة الأزهر، المدرسة، شيعيّة، وربطوا بطريق الخطأ بين زمن تشييد الجامع الأزهر وسط الحصن الفاطمي القاهري وتدريس المذهب الإسماعيلي الشيعي، في أروقته، وهو ما أبطله صلاح الدين الأيوبي حينما أسقط الخلافة الفاطمية. لكن الأزهر الذي نعرفه اليوم كمدرسة علمية لم ينشأ في الأزهر المسجد إلا في العصر المملوكي مع عودة التدريس إليه في عصر الظاهر بيبرس. هذا الأزهر هو الامتداد الطبيعي المستمر للمدرسة العلمية الإسلامية التي بدأت في مصر في جامع عمرو بن العاص منذ تأسيسه حيث كان يجلس ثلة من الصحابة والتابعين، فأسسوا مدرسة راسخة. وكان كل منهم يجلس إلى أحد أعمدة المسجد للتدريس. عرف مكان التدريس في المسجد بالزاوية، ونجد صدى لهذا في العديد من الكتابات التاريخية، فابن دقماق في كتابه «الانتصار لواسطة عقد الأمصار» يذكر أن الزاوية الخشابية، تقع بجامع مصر العتيق وتعرف قديماً بزاوية الإمام الشافعي رضي الله عنه، وهي مكان مبارك لم يزل يدرس بها أعيان العلماء رضي الله عنهم وبه عرفت ودرس بها عدد من العلماء، والزاوية المجدية، تقع في صدر الجامع بين محراب الجمعة والمحراب الوسطاني داخل المقصورة الوسطى، عمّرها مجد الدين وقرر فيها قاضي القضاة وجيه الدين عبدالوهاب البهنسي مدرساً فدرس بها إلى حين وفاته ثم درس بها الفقيه سديد الدين المهلبي إلى حين وفاته ثم درس بها قاضي القضاة جلال الدين العصلاجي إلى حين وفاته فدرس بها الإمام العالم صدر الدين بن المرحل. وكان يدرس بها في عصر ابن دقماق صدر الدين المناوي والأخير أحفاده درسوا بعد ذلك في الأزهر الشريف. هذا يعني أن العلم انتقل من عمرو بن العاص إلى الأزهر. وتمدنا المصادر التاريخية بزوايا أخرى مثل الزاوية الصاحبية التاجية التي كان يدرس بها المذهبان الشافعي والمالكي، وكانت لها أوقاف خاصة بها، منها: فرن وحوانيت ومنازل تعلوها، وهو النظام الذي استمر بعد ذلك في الأزهر حيث أصبح لكل رواق وهو الاسم البديل للزوايا في جامع عمرو، أوقافه الخاصة به. ومن زوايا جامع عمرو بن العاص أيضاً: الزاوية الكمالية، الزاوية التاجية، الزاوية المعينية، الزاوية العلائية، الزاوية الصاحبية الزينية... إلخ. هنا لا بد أن نُنبه إلى أن مدرسة المسجد العتيق في الفسطاط، ظلت قائمة إلى العصر المملوكي الجركسي في مصر، ولم تختف بإقامة الدروس في الجامع الأزهر، لكن منذ عصر السلطان الأشرف قايتباي انتقل الأمر كلياً إلى الأزهر الشريف كمدرسة نضجت وصار لها صيتها على صعيد العالم الإسلامي، حتى رأينا تدريس المذاهب الأربعة كما كان في جامع عمرو والطب كما كان في جامع عمرو، بل حتى الفنون كما كان في جامع عمرو، حتى أن اختفى ذكر جامع عمرو بن العاص كمكان للتدريس، فورث الأزهر منه ذلك، ولعل من بين ما ورثه أيضاً نظام تولي شيخ الجامع مسؤولية التعليم ومتابعة الطلاب، فقد كان شيخ جامع عمرو بن العاص هو مَنْ يتابع الطلاب ويدرس في زوايا الجامع. لذا خطأ تاريخي الخلط بين إنشاء الأزهر في العصر الفاطمي كبناية لمسجد جامع ومكان للتدريس، وبين الأزهر المدرسة العلمية التي تعد امتداداً لمدرسة عمرو بن العاص التي أخرجت الكندي المؤرخ وابن عبدالحكم الفقيه والفقيه العظيم سعد بن الليث ودرس بها الإمام الشافعي، إلى أن انتقلت تدريجياً منذ عصر الظاهر بيبرس المملوكي إلى الأزهر مستفيدة من نظم جامع عمرو بن العاص في وراثة مناهج هذه المدرسة.
