قدمت هيئة الغذاء والدواء الأمريكية، مجموعة من الإرشادات خلال استخدام أفران الميكروويف لضمان عدم حدوث أضرار على المدى البعيد. وحذرت من إمكانية تسبب تلك الأفران في حروق وإعتام بعدسة العين خاصة، عندما يتعرض الأشخاص لكميات كبيرة من الإشعاع المتسرب من خلال الفتحات الموجودة في الفرن وتحديداً الفجوات الموجودة في الإطار العازل. ونوهت إلى أن المخاطر تزيد في حال وجود تلف بمفصل الباب أو المزلاج أو نظم العزل، مشيرةً إلى أنه يمكن لأفران الميكروويف تسخين أنسجة الجسم بنفس الطريقة التي يتم تسخين الطعام بها. ولفتت إلى أن التوصيات تتضمن التحقق من غلق باب فرن الميكروويف بشكل صحيح قبل استخدامه، وعدم الانحناء أو الوقوف مباشرة في مواجهة الفرن لفترات طويلة أثناء تشغيله، وكذلك الالتزام بالإجراءات والاحتياطات عند التعامل مع الأطعمة والمشروبات الساخنة عند خروجها منه. ولتفادي مخاطر التعرض للمواد الكيميائية المضرة، ينصح عند تسخين الأطعمة في الميكروويف باستخدام أوعية غير بلاستيكية، مثل الأواني الخزفية. وإذا كنت تستخدم الأوعية البلاستيكية، تجنب استخدام الأوعية والأواني التي يتغير شكلها عند التسخين، لأن الأوعية القديمة والتالفة من المرجح أن تتسرب منها مواد كيميائية إلى الأطعمة.