كان تأسيس معهد المخطوطات العربية من المشروعات التي حققتها الجامعة العربية، وأكثرها نفعًا للعرب ولعلماء الإنسانية المعنيين بالدراسات الإسلامية في العالم، فما تركه العرب من المؤلفات كان ضخمًا جدًا لا تجد مثله عند أي أمة من الأمم الأخرى. ولكن هذا التراث الذي قد يتجاوز عدده اليوم في العالم ثلاثة ملايين-كما أفاد موقع إسلام أون لاين- مبعثر في أقطار الأرض، في مكتبات عامة أو خاصة، وما زال الشطر الأكبر منه مجهولاً لوجوده في مكتبات غير مفهرسة، فأمام بعثرة المخطوطات العربية، تبقى الدراسات المتعلقة بنواحي الحضارة العربية ناقصة. لهذا كله فكرت جامعة الدول العربية في إنشاء معهد المخطوطات ليجمع أكبر عدد ممكن من صور المخطوطات النادرة المبعثرة في العالم، ويضع هذه المصورات تحت تصرف العلماء في مقر المعهد، وليفهرس المكتبات العامة والخاصة، التي تحوي مخطوطات غير مفهرسة، حيثما كانت وينشر هذه القوائم، ثم يقوم بنشر المخطوطات محققة، وليكون بعد ذلك مركزًا علميًا للتعاون العلمي بين العلماء والمؤسسات العلمية في العالم في سبيل خدمة المخطوطات العربية والتعريف بها وتبادل المعلومات عنها. تلك أهداف المعهد التي حددها قرار مجلس جامعة الدول العربية في 4/4/1946 وكان المعهد عند إنشائه تابعًا للدائرة الثقافية بالجامعة. مر معهد المخطوطات على مدى نصف قرن تقريبًا بمراحل عدة، ليس بينها حدود فاصلة أو قاطعة تمامًا، ذلك أن نهر العمل كان يجري في مجرى واحد، وعلى الرغم من ذلك فقد كان لكل مرحلة طابع خاص. مراحل أربع فالمرحلة الأولى يمكن أن نسميها مرحلة جمع التراث، وهي تمتد من عام 1946 إلى عام 1954 وتركز العمل خلالها على جمع التراث المخطوط المبعثر داخل الوطن العربي وخارجه من خلال بعثات أوفدها المعهد إلى أماكن وجود المخطوطات، لتقوم بانتقاء الفريد منها وتصويره، ومن خلال عمل هذه البعثات تشكلت الحصيلة الأولى من مصورات المعهد من المخطوطات. وجاءت المرحلة الثانية لتحدد ملامح عمل المعهد؛ وهي تبدأ مع عام 1955، وفيها انفصل المعهد عن الدائرة الثقافية للجامعة، وعين له مجلس أعلى من كبار العلماء في العالم العربي، وانتُخب الدكتور طه حسين رئيسًا له. وفي هذه المرحلة انتشر خبر المعهد، وطار صيته، في الدوائر الثقافية، في الشرق والغرب، وعرفه الباحثون والدارسون، كما عرفته الجامعات والمؤسسات المعنية بالتراث العربي داخل الوطن وخارجه. وعمر المرحلة الثالثة عقدان يمتدان بين عامي 1970 و1990، ومارس فيها المعهد عمله من ثلاث عواصم عربية القاهرة ثم تونس فالكويت فالقاهرة مرة أخرى، والحد الفاصل الذي بدأت منه هو ذلك القرار الذي صدر بإلحاق المعهد بالمنظمة العربية للتربية والثقافة والعلوم. وتمثل المرحلة الرابعة من عمر معهد المخطوطات إرهاصات المستقبل؛ فقد وضع المعهد خطة محكمة لإنقاذ ما هو معرَّض للتلف من ذخيرة المعهد من المخطوطات، من ناحية، وتجديد ما أصبحت الحاجة ملحة لتجديده، قبل أن يصل إلى مرحلة يحتاج فيها إلى إنقاذ من ناحية أخرى، وإدخال الحاسب الآلي لفهرسة مقتنيات المعهد وخدمة الباحثين من خلاله. 24 ألف مخطوطة يمتلكها معهد المخطوطات العربية مصورة من كبريات مكتبات العالم، تراث ندر أن يتوفر في أي مكان آخر. لم يترك المعهد مكانًا في العالم به مخطوطات نادرة إلا صور منها فتوجهت بعثاته إلى: السعودية واليمن وعمان وسوريا والمغرب وليبيا وأوزبكستان وإيطاليا والبوسنة والهرسك، ومن خلال هذه الحصيلة من التراث المخطوط يقدم المعهد خدماته للباحثين العرب والأجانب بتصوير المخطوطات، وبمساعدتهم في الحصول عليها من المكتبات العالمية. ويصدر المعهد منذ عام 1955 مجلة علمية لنشر الأبحاث المتعلقة بالمخطوطات والتعريف بها، وهي مجلة نصف سنوية صدر منها إلى الآن 39 مجلدًا، كما يصدر نشرة أخبار التراث العربي للتنسيق بين الباحثين والعاملين في مجال تحقيق التراث. شارك معهد المخطوطات في إحياء الكثير من المخطوطات العربية ونشرها، إذ أخرج 27 كتابًا محققًا. وفي ميدان التراجم ظفرت المكتبة العربية بثلاثة كتب. كان أول مدير لمعهد المخطوطات هو الدكتور يوسف بن رشيد العش (سوري)، ولد في طرابلس بالشام سنة 1911، وتوفى بدمشق سنة 1967، وهو أول من تخصص في تنسيق الكتب والوثائق في سورية، انتدب لإدارة معهد المخطوطات عقب إنشائه، فمكث به نحو خمس سنوات، شارك في إرساء أساسه ووضع قواعده، وخرج في بعثاته الأولى، فكان له فضل المشاركة في انتقاء مجموعاته الأولى من المخطوطات.